Die SO unterhält zahlreiche, international agierende Unter- und Tarnorganisationen, die alle jeweils einem so genannten „kirchlichen“, wirtschaftlichen oder sozialen Bereich zuzuordnen sind. Die Gesamtstruktur ähnelt der eines multinationalen Wirtschaftskonzerns.
Die verschiedenen Einrichtungen werden aus der „Mutterorganisation“, der „Church of Scientology International“ (CSI) in Los Angeles und über „Kontinentale Verbindungsbüros“ streng hierarchisch und straff geführt. Die Europäische Zentrale hat ihren Sitz in Kopenhagen. Unterhalb dieser Ebene befinden sich diverse Unterorganisationen, die als „Kirchen“, „Missionen“, „Celebrity Centers“ 11 (alle im SO-Sprachgebrauch „Orgs“ genannt) direkt der SO zuzuordnen sind sowie weitere Institutionen, Vereine und Einzelpersonen, die beispielsweise im Wirtschafts-, Gesundheits- oder Bildungsbereich tätig sind.
Das SO-eigene „Religious Technology Center International“ (RTC) 12 unter der Leitung des Hubbard-Nachfolgers David Miscavige stellt die höchste Führungsebene der SO dar und ist dafür verantwortlich, Strategien und Vorgaben zur weltweiten Umsetzung ihrer Ziele zu entwickeln. Die hier getroffenen Entscheidungen sind für Scientologen weltweit bindend. Zudem besitzt das RTC die Urheberrechte an allen Waren- und Dienstleistungszeichen der SO und überwacht die Lizenzvergabe.
Dem RTC angehörig ist das „Watchdog Committee“ (WDC), die oberste Überwachungsinstanz der SO. Darunter existieren in aller Welt die Abteilungen der „Organisation of Special Affairs“ (OSA), dem SO-eigenen Nachrichtendienst. Offiziell behauptet die SO, die OSA sei für Presse- und Öffentlichkeitsaufgaben zuständig, um die SO-Lehre zu verbreiten und zu schützen.
Für die Verbreitung der scientologischen „Technologien“ im Wirtschaftsbereich ist der Verband „World Institute of Scientology Enterprises“ (WISE) zuständig.
Der Verband „Association for better Living and Education“ (A.B.L.E.) koordiniert die SO-Unternehmen und Einzelpersonen, die in den sozialen Bereichen tätig sind.
Der Internationale Mitgliederverband „International Association of Scientologists“ (IAS) vereinigt alle Scientologen und organisiert und finanziert weltweit Projekte und Werbekampagnen der SO. Zu dem internationalen Netz der Tarn- und Unterorganisationen, die scheinbare Hilfeleistungen anbieten, um in den unterschiedlichen Bereichen neue Mitglieder zu gewinnen, zählen:
- Citizens Commission on Human Rights / CCHR (Bereich Psychiatrie)
- Kommission für Verstöße der Psychiatrie gegen Menschenrechte e.V. (KVPM)
- Applied Scholastics International /ApS (Bereich Nachhilfe)
- Criminon International (Bereich Kriminalitätsbekämpfung)
- Narconon International (Bereich Drogenbekämpfung)
- The Way to Happiness Foundation (Bereich Lebenshilfe)
- Scientology Volunteer Ministers (Bereich Lebenshilfe)
- Youth for Human Rights International (Bereich Kinder- und Jugendrechte)
Die SO publiziert zahlreiche Zeitschriften (u. a. „Freiheit“, „Impact“, „Source“, „International Scientology News“, „The Auditor“), Bücher sowie Ton- und Bildmaterial, die über eigene Verlagshäuser vertrieben werden.