Die Bezirke unterliegen bei der Wahrnehmung ihrer Aufgaben der Bezirksaufsicht gemäß §§ 9 ff. des Allgemeinen Zuständigkeitsgesetzes (AZG). Die Bezirksaufsicht dient der Einhaltung der Rechts- und Verwaltungsvorschriften durch die Bezirke. Eine darüber hinausgehende Kontrolle des bezirklichen Handelns auf Zweckmäßigkeit durch die Bezirksaufsicht erfolgt nicht. Bezirksaufsichtsbehörde ist die für Inneres zuständige Senatsverwaltung. Gegenüber den Bezirken hat sie ein allgemeines Informationsrecht gemäß § 10 AZG. Es umfasst das Recht, Auskünfte, Berichte und die Vorlage von Akten und sonstigen Unterlagen zu verlangen sowie im Einvernehmen mit der zuständigen Fachverwaltung bezirksinterne Prüfungen anzuordnen. Die Vornahme darüber hinausgehender Aufsichtsmaßnahmen obliegt dem Senat. Er kann gemäß § 11 AZG rechtswidrige Beschlüsse und Anordnungen bezirklicher Organe aufheben und verlangen, dass getroffene Maßnahmen rückgängig gemacht werden (Aufhebungsrecht). Der Senat kann nach § 12 AZG bezirkliche Organe anweisen, rechtlich gebotene Beschlüsse zu fassen oder Anordnungen zu treffen (Anweisungsrecht). Weigert sich das zuständige bezirkliche Organ, entsprechende Maßnahmen rückgängig zu machen, ihm aufgegebene Beschlüsse zu fassen oder Anordnungen zu treffen, kann der Senat gemäß § 13 AZG die Maßnahmen selbst rückgängig machen, die Beschlüsse fassen oder Anordnungen treffen (Ersatzbeschlussfassungsrecht), und soweit die Anordnungen des Senats nicht befolgt werden, diese durch einen Beauftragten durchführen lassen (Ersatzvornahmerecht). Die Bezirksaufsicht darf die Entschlusskraft und Verantwortungsfreudigkeit der Bezirke nicht beeinträchtigen.
Ein Einschreiten der Bezirksaufsicht steht im Ermessen des Senats. Er schreitet ein, wenn ein öffentliches Interesse gegeben ist. Soweit Bürgerinnen und Bürger gegen sie belastende Maßnahmen des Bezirksamts (z. B. Verwaltungsakte) selbst verfahrensrechtlich (durch Widerspruch) oder gerichtlich vorgehen können, geht die Inanspruchnahme des Individualrechtsschutzes vor.
In Eilfällen kann die für Inneres zuständige Senatsverwaltung als Bezirksaufsichtsbehörde dringend gebotene Aufsichtsmaßnahmen nach § 13a Abs. 2 AZG vornehmen.