In bestimmten Fällen sieht die Verfassung von Berlin auch Volksabstimmungen vor.
So muss über eine Fusion mit dem Land Brandenburg oder über eine Änderung der Artikel 62 und 63 der Verfassung von Berlin (VvB), die die Volksbegehren und Volksentscheide betreffen, eine Volksabstimmung aller wahlberechtigten Berlinerinnen und Berlin durchgeführt werden (Artikel 97 Absatz 2 und Artikel 100 Satz 2 VvB).
Am 5. Mai 1996 fand eine Volksabstimmung über den Fusionsstaatsvertrag zwischen Berlin und Brandenburg statt. Während dem Staatsvertrag zwar die Mehrheit der Berliner Abstimmenden zustimmte, verfehlte er die erforderliche Mehrheit der Abstimmenden im Land Brandenburg.
Die letzte Volksabstimmung fand zeitgleich mit der Wahl zum Abgeordnetenhaus von Berlin und den Bezirksverordnetenversammlungen am 17. September 2006 statt und hatte eine Änderung der Verfassung von Berlin zum Gegenstand, die sich unter anderem auf die Artikel 62 und 63 VvB bezog. Die Verfassungsänderung wurde mit großer Mehrheit von den Abstimmungsberechtigten angenommen.