Aus dem Sondervermögen werden Investitionen in die Infrastruktur des Landes Berlin im Zusammenhang mit der wachsenden Stadt finanziert. Bisher wurden dem SIWA Mittel in Höhe von etwas mehr als 4 Mrd. € aus dem Finanzierungsüberschuss des Landes Berlin zugeführt. Die Höhe der Zuführung zum SIWA ergibt sich unter Berücksichtigung des vorläufigen Finanzierungsüberschusses, der bereitgestellten Mittel für den Schulbaufinanzierungsfonds, der Haushaltsentlastungsrücklage, der Mindesttilgung und besonderer Finanzierungsvorgänge. Über die Verwendung der Mittel entscheidet das das Abgeordnetenhaus auf Vorschlag des Senats. Der Senat legt hier zu Belegungslisten mit Investitions-Einzelmaßnahmen vor. Inhaltliche Schwerpunkte wurden hierbei u.a. in den Schulbau sowie Maßnahmen im Zusammenhang mit dem Wohnungsbau gesetzt. Ebenfalls eine große Rolle spielt der Ausbau der Radinfrastruktur und Investitionen in den ÖPNV.
Abweichend vom Haushaltsplan des Kernhaushalts wird der Haushaltsplan des SIWA bei haushaltswirtschaftlichem Bedarf unterjährig fortgeschrieben (z.B. bei Streichungen oder dem Ersatz von Maßnahmen durch neue Maßnahmen). Die Mittel stehen zeitlich unbefristet zur Verfügung (überjährlicher Haushalt).