Im deutschen Einigungsvertrag wurde 1990 festgelegt, dass Berlin wieder die gesamtdeutsche Hauptstadt werden soll. Im Juni 1991 stimmte der Deutsche Bundestag mit knapper Mehrheit für die Verlegung des Sitzes von Bundestag und Bundesregierung nach Berlin (Hauptstadtbeschluss). Das 1994 vom Bundestag verabschiedete „Berlin-Bonn-Gesetz“ regelte den Umzug des Parlaments und von Teilen der Regierung von Bonn nach Berlin. Im September 1999 begann schließlich die erste Sitzungswoche des Deutschen Bundestages im ehemaligen Reichstagsgebäude.
Nach Berlin wurden ab 1999 auch Kernbereiche der Regierung, etwa wichtige Bundesministerien, verlegt. Um Bonn als Politikstandort zu erhalten, wurde die Stadt zur „Bundesstadt“ erklärt, in der auch weiterhin viele Bundesbehörden ihren Sitz haben. Dem Umzug von Parlament und Regierung folgten die Vertretungen der Bundesländer und die Botschaften der ausländischen Staaten in die Hauptstadt. Bereits im Januar 1994 verlegte der Bundespräsident seinen Amtssitz in das Schloss Bellevue nach Berlin.
Die Bundesregierung schloss 1992 mit dem Berliner Senat einen Hauptstadtvertrag, in dem Berlins Funktionsfähigkeit als Sitz von Bundestag und Bundesregierung geregelt wurde. 2006 wurde die besondere Stellung Berlins als Hauptstadt in das Grundgesetz der Bundesrepublik Deutschland aufgenommen. 2007 folgte der Hauptstadtfinanzierungsvertrag zwischen dem Bund und dem Land Berlin. Dieser sichert Berlin finanzielle Unterstützung für die Erfüllung der Hauptstadtaufgaben in den Bereichen Sicherheitsmaßnahmen, Infrastruktur und Kultur zu.
