Die Unterbringung inhaftierter Frauen erfolgte von 1949 – 1985 in den Gebäuden der Heeresarrestanstalt in der Lehrter Straße in Berlin Tiergarten. Die räumlichen und sanitären Bedingungen entsprachen nicht den Anforderungen eines modernen Strafvollzuges.
Im Jahre 1976 wurde die Nebenanstalt in der Söthstraße in Lichterfelde in Betrieb genommen. Zusätzlich wurde 1981 eine Station in einer JVA für Männer in der Kantstraße in Charlottenburg zur Verfügung gestellt. Die Situation des Berliner Frauenvollzuges wurde allerdings nicht grundlegend verbessert.
Der Ausbruch von vier Terroristinnen 1976 aus der JVA für Frauen in der Lehrter Straße führte letztlich zur Bereitstellung finanzieller Mittel für den Bau einer neuen Vollzugsanstalt für Frauen am Friedrich-Olbricht-Damm in Berlin-Charlottenburg (JVA Charlottenburg). Bereits 1979 konnte der Grundstein gelegt werden und im April 1982 fand das Richtfest statt.
Im März 1985 konnten die inhaftierten Frauen und die Vollzugsmitarbeiter/innen in Europas modernste und sicherste Frauenhaftanstalt einziehen. Die Vollzugsanstalt befand sich auf einem 44.000 qm großen Gelände und war mit einer 5,30 m hohen Mauer und 5 Bewachungstürmen gesichert.
Die Anstalt hatte eine Aufnahmekapazität für 330 inhaftierte Frauen, jedoch wurden durchschnittlich nur 180 Haftplätze belegt.
Sämtliche Haftarten wurden in der Anstalt vollzogen bzw. vollstreckt.
Im Jahre 1990 erfolgte eine kritische Bestandsaufnahme der Situation des Männer- und Frauenvollzuges in Berlin. Daraus resultierte die Dezentralisierung des Frauenvollzuges und Aufteilung auf die heutigen Standorte.
Die Sozialtherapie bezog im Februar 1996 als erster Bereich den neuen Standort in Berlin-Neukölln. Zwei Jahre später wurden der Hauptstandort in Berlin-Lichtenberg und der Bereich des offenen Vollzugs in Berlin- Reinickendorf in Betrieb genommen.
Als letzter Bereich wechselte im März 1998 die Untersuchungshaft gemeinsam mit den Kurzstraferinnen nach Berlin-Pankow. Seit wenigen Jahren verfügt der Bereich Pankow zusätzlich über einen Bereich für Frauen mit langen Haftstrafen.