Die erste Erwähnung des Ortes im Landbuch Kaiser Karls IV. anlässlich eines Besitzerwechsels um 1375 lässt eine Ortsgründung vor Ende des 13. Jahrhunderts vermuten. Bei Niederschrift des Landbuches gehörte das Dorf dem Berliner Lehnsbürger Hans von Aken. Die Dorfherrschaft wechselte in den folgenden Jahrzehnten häufig.
Im historischen Ortskern wurde ab 1755 statt der zwischen 1375 und 1449 erbauten Kirche ein Neubau errichtet, der bis in die heutige Zeit vielerlei Veränderungen erfuhr. Im Ersten Weltkrieg im Jahr 1917 wurde die größere der beiden Bronzeglocken und die zinnernen Orgelpfeifen zu Kriegszwecken entfernt und eingeschmolzen. Im Zweiten Weltkrieg wurde der Messingkronleuchter ebenfalls eingeschmolzen. Aber die Kirche am Dorfplatz selbst überdauerte die beiden Weltkriege. Als einziger barocker Sakralbau der Region neben der Sophienkirche in Berlin-Mitte und dem Kloster Neuzelle, stellt sie ein besonderes Kleinod des Denkmalschutzes dar.
Auch der Dorfplatz selbst steht unter Denkmalschutz. Bemerkenswert sind um 1885 gebaute Höfe mit Scheune, Stallungen und Taubenhaus (Dorfplatz 3 und 7).
Bewegte Zeiten erlebte auch die weiter nördlich gelegene, 1898 von Max Buntzel auf dem Falkenberg errichtete schlossähnliche Villa, ab 1924 zunächst als Erholungsheim Hedwigshöhe, dann als Krankenhaus gleichen Namens genutzt. Nachdem die Hedwigshöhe von 1938 an als Priesterseminar genutzt worden war, beschlagnahmte die Gestapo am 1. August 1941 Haus und Gelände. Die Geistlichen mussten innerhalb von 48 Stunden ausziehen, die Ordensschwestern blieben und pflegten Verwundete.
Seit Februar 2003 gibt es hier auch eine Fachabteilung für Psychiatrie und Psychotherapie. Am modernen Krankenhaus weist noch die Freitreppe auf das frühere “Schlösschen” hin.
Während des Dreißigjährigen Krieges wurde Bohnsdorf durch die vorüberziehenden Truppen mehrfach geplündert und verwüstet. Am Ende des Dreißigjährigen Krieges, im Jahre 1648, lebte in Bohnsdorf nicht einmal mehr ein Viertel der ursprünglichen Bevölkerung rund um die stark zerstörte mittelalterliche Dorfkirche.
Anfang des 20. Jahrhunderts war am Fuße der mit fast 60 Metern höchsten Erhebung der Teltowhochfläche die Gartenstadt Falkenberg gegründet worden. Eine bunt gemischte Schar von Freigeistern gab hier ihre Antwort auf das graue Mietskasernenelend. Als Genossenschaftler sollten auch Minderbemittelte billig und doch schön wohnen. Der Architekt und spätere Stadtbaurat Professor Bruno Taut verlieh den Häusern individuelle Merkmale, gestaltete Fassaden in damals Aufsehen erregenden Farben. Das vor allem im Umfeld der Arbeitergenossenschaft Paradies entstandene reiche Gemeinschaftsleben Bohnsdorfs fand im Jahre 1933 ein jähes Ende. Ein Gedenkstein in der Dahmestraße mit den Namen von sieben Bohnsdorfern kündet von mutigem Widerstand gegen die NS-Diktatur.
In den 1990er Jahren begann man die vorsichtige Rekonstruktion des mittlerweile denkmalgeschützten Ensembles.
