Die Geschichte des Großen und Kleinen Bunkerbergs begann schon im zweiten Kriegsjahr des durch Deutschland ausgelösten verheerenden Zweiten Weltkrieg.
Weil Berlin immer häufiger Angriffsziel britischer Bomber wurde, beschlossen die Nationalsozialisten den Bau von Flakturmpaaren zur Fliegerabwehr. Der Bau der Türme im Friedrichshain erfolgte von April bis Oktober 1941. Dabei wurden 120.000 m³ Beton und etwa 10.000 t Stahl verarbeitet. Die Außenwandstärke betrug 2,6 m. Es entstanden ein Leitturm (heute Kleiner Bunkerberg) und ein Geschützturm (heute Großer Bunkerberg). Auf dem Leitturm gab es eine Radaranlage zur Ortung der anfliegenden Bomber. Der Geschützturm war mit 16 Flakgeschützen (Flugabwehrkanonen) versehen. Verbunden waren die Türme durch unterirdische Gänge. Beide wurden auch als Luftschutzbunker konzipiert. Der Geschützturm sollte 15.000 Menschen Schutz bieten. Vermutlich hielten sich aber doppelt so viele Schutzsuchende in ihm auf. Trotz einiger Bombentreffer hielten die dicken Stahlbetonwände stand.
Ganz anders der umliegende Park, der stark in Mitleidenschaft gezogen wurde. Der Märchenbrunnen wurde beispielsweise fast vollständig zerstört. Bombentreffer töteten auch viele Soldaten an den Geschützen. In den letzten Kriegstagen ersetzte man sie durch 16-jährige Schüler, die man von der Schulbank weg rekrutierte. Kurz und schlecht ausgebildet, bedeutete das für etliche den sicheren Tod.
Die letzten Kriegstage zeugen auch von einem Kunstkrimi. Die Berliner Museen hatten Gemälde alter Meister – unter anderen Werke von Caravaggio, Goya, Tintoretto – in die Türme ausgelagert. Ein Teil davon wurde noch im März und April 1945 in ein Salzbergwerk in Thüringen gebracht. Der verbliebene Rest – ca. 400 Gemälde – wurde im Leitturm gelagert. Nach Einnahme durch die Rote Armee waren die Bunker unbeaufsichtigt. Es brach Feuer aus, das die unschätzbaren Kunstwerke in zwei Etappen vernichtet haben soll. Später tauchten jedoch einige Gemälde, die eigentlich verbrannt sein sollten, bei Kunstauktionen auf und einige Statuen in einem Museum in Moskau. Dies nährte Spekulationen, dass doch nicht alles verbrannt ist und das Museumsgut vor oder nach Kriegsende abtransportiert wurde.
Nach dem Krieg ging es zunächst darum, den Trümmerschutt in der Innenstadt zu beseitigen. Auf Befehl der Alliierten sollten die Berliner Flakbunker zerstört werden. Die Sprengungen im Friedrichshain erfolgten von Mai bis Juni 1946. Dabei konnte jedoch nur erreicht werden, dass der große Flakgeschützturm in zwei Teile zerbrach. Der kleine Bunker wurde hingegen vollständig zerstört. Dieser Aufgabe der Trümmerbeseitigung nahm sich der Friedrichshainer Bezirksstadtrat Alfred Krause (1906-1985) an, was ihm den Spitznamen „Trümmer-Krause“ einbrachte. In der Folge wurden 2,1 Millionen m³ Schutt um die beiden Bunker herum aufgeschüttet. Das Hauptamt für Grünplanung unter Leitung von Reinhold Lingner (1902-1968) legte parallel zur Trümmerbeseitigung Pläne für die Begrünung der Trümmerberge vor. Bis August 1950 waren bis zu 3.000 Trümmerfrauen mit der Bergung und Aufschüttung des Trümmerschutts an den Bunkerbergen im Friedrichshain beschäftigt. Die späteren
Parkwege wurden im Wesentlichen durch die Gleisverläufe der damaligen Trümmerbahnen vorgegeben. Der Große Bunkerberg erreichte schließlich eine Höhe von 78,2 m und der Kleine Bunkerberg 67 m. Schon ab den 1950er Jahren wurde der Große Bunkerberg auch „Mont Klamott“ genannt. Im gleichnamigen Song der bekannten DDR-Gruppe Silly erhielt der Name Kultcharakter. Die auf dem Kleinen Bunkerberg entstandene Rodelbahn wurde umgehend von den Kindern der Umgebung angenommen. Wegen ihrer halsbrecherischen Abfahrt wurde sie auch „Todesbahn“ genannt. 2021 wurde ein Teil der Abfahrt terrassiert, die Bahn dadurch deutlich verkürzt und sicherer gemacht.
Bereits seit 2018 laufen durch das Grünflächenamt Maßnahmen zum ökologischen Umbau der Bunkerberge. Wege werden entsiegelt. Da die zuerst angepflanzten Pioniergehölze wie Pappeln und Ahorn nicht mehr standsicher waren, mussten viele Bäume in den Hanglagen gefällt werden. Sie wurden als Totholz hinterlassen – zum Halten der Hänge sowie zur Ansiedlung von Insekten. Bis 2025 werden wieder langlebige, klimaresistente, möglichst einheimische Bäume wie Eichen, Buchen, aber auch Nadelgehölze auf den Hängen angesiedelt. Es soll auch wieder eine Kraut- und Strauchschicht entstehen, um die biologische Vielfalt zu fördern und weitere Insektenarten anzusiedeln. Deshalb wurden die Hangflächen weitläufig eingezäunt.
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