Das Gebäudeensemble des heutigen Kultur- und Bildungszentrums Sebastian Haffner schaut auf eine 125-jährige Geschichte zurück. Die Errichtung als Gemeindedoppelschule zwischen 1884 und 1886 fällt in eine Zeit, in der die Reichshauptstadt Berlin einen enormen Zustrom von Arbeitskräften erlebt. Mit der massenhaften Zuwanderung wuchs nicht nur der Bedarf an Wohnraum, sondern auch an öffentlichen Bauten, darunter Krankenhäusern und Schulen. Unter dem Stadtbaurat Hermann Blankenstein (1829 – 1910) entstand auch das Schulgebäude an der Prenzlauer Allee/Ecke Mülhauser Straße für eine Knaben- und eine Mädchenschule (mit jeweils getrennten Eingängen). Im separat gelegenen Rektoren- und Lehrerwohnhaus befanden sich die Wohnungen für die beiden Rektoren, den Schuldiener und den Heizer. Das Gebäude blieb bis 1997 als Schule in Betrieb, zuletzt als 3. Grundschule. Nach dem seit Mitte der 90er Jahre spürbaren Rückgang der Schülerzahlen beschloss die Bezirksverordnetenversammlung Prenzlauer Berg im Dezember 1997 – gegen Widerstand aus der Bevölkerung – die Schließung als Schulstandort. Unter Aufgabe von Mietobjekten zogen im Herbst 1998 zunächst eine Kinder- und eine Erwachsenenbibliothek der Stadtbibliothek Prenzlauer Berg sowie die Volkshochschule in das Gebäude ein. Die VHS hat das Gebäude bereits seit 1947 als Unterrichtsstätte genutzt. Ende 1999/Anfang 2000 folgte dann noch das Prenzlauer Berg Museum als dritter Partner.
Auf Grundlage des ab 2003 gültigen Kultur- und Bildungsentwicklungsplans Pankow konnte der Gebäudekomplex unter Einsatz von Fördermitteln als sog. Kooperativer Standort des Amtes für Kultur und Bildung baulich entwickelt werden. Bis 2004 erfolgten die Umgestaltung des Hofes und der Umbau der ehemaligen Turnhalle zu einem Ausstellungsraum für das Museum. Gleichzeitig wurde die ursprünglich vorhandene Öffnung des Schulgeländes zur Kolmarer Straße und zum Wasserturmareal in der Nähe des Kollwitzplatzes wieder hergestellt. Ein Aufzug gewährleistet inzwischen die barrierefreie Erschließung aller Etagen.
Seit 2008 trägt das Kultur- und Bildungszentrum den Namen des Journalisten und Publizisten Sebastian Haffner (1907-1999). Sein Vater, Carl Louis Albert Pretzel, leitete seit 1919 als Direktor die Schule und lebte mit seiner Familie im Vorderhaus an der Prenzlauer Allee. Der Sohn Reimund erlebt in Prenzlauer Berg die Zeit des ersten Weltkrieges und der Novemberrevolution. Später wird er in seiner autobiographischen Veröffentlichung „Geschichte eines Deutschen“ dieser Zeit ein literarisches Denkmal setzen.
Die Angebote von Stadtteilbibliothek, Volkshochschule und Museum ergänzen sich inhaltlich, mit einem Akzent auf historisch-politischer Bildung, für den der Name Sebastian Haffner Pate steht. Weitere Schwerpunkte sind die (Sprach-) Integrationskurse der Volkshochschule, die intensive Leseförderung der Stadtteilbibliothek sowie die alljährliche Durchführung des LiteraturOrt Prenzlauer Berg. Das Gebäude mit seinen Unterrichtsräumen, Lesebereichen und Ausstellungsflächen, seinen Bibliotheks- und Archivbeständen versteht sich über die Nutzer und Besucher der drei Einrichtungen hinaus als ein Treffpunkt im Kiez – ein lebendiges Bildungszentrum am Wasserturm.