Eine wesentliche Erweiterung des Schienennetzes dient der Anbindung des neuen Flughafens Berlin Brandenburg “Willy Brandt”, kurz BER. Der BER wird mit der S-Bahn, über das Regionalverkehrsnetz und mit mehreren Buslinien an die Stadt und das Umland angebunden. Bereits fertig gestellt sind die Verlängerung der S-Bahn vom heutigen Bahnhof Flughafen Berlin-Schönefeld zum Tunnelbahnhof unter dem neuen Flughafenterminal, sowie dessen Anbindungen an den Regional-/Fernverkehr in Ost-West-Richtung.
Der sechsgleisige Flughafenbahnhof befindet sich direkt unter dem Mittelterminal und ist selbstverständlich mit Fahrtreppen und Aufzügen ausgestattet. Dadurch ergeben sich kürzeste Wege von Ankunfts- und Abflugbereichen zu den Bahnsteigen des Regionalverkehrs (einschl. Airport-Express), zur S-Bahn sowie zu den Fernzügen.
Der Wiederaufbau der so genannten Dresdner Bahn zwischen Südkreuz und Blankenfelde, die zukünftig eine direkte Verbindung in die Berliner Innenstadt ermöglichen soll, hat begonnen.
Das abgestimmte Verkehrskonzept sieht folgende Anbindungen für den vollständig eröffneten Flughafen vor:
Regionalzüge
Die bereits bestehenden Regionalverkehrslinien RE 7 und RB 14 werden mit Inbetriebnahme des BER durch den Flughafen-Express RE 9 ergänzt, so dass sich zwischen dem Berliner Hauptbahnhof und dem Flughafen Berlin Brandenburg ein ungefährer 15-Minuten-Takt mit einer Fahrzeit von etwa 30 Minuten ergibt.
Dresdner Bahn
Die Wiederherstellung und Inbetriebnahme der Dresdner Bahn in Berlin ist ein im Bau befindliches Infrastrukturprojekt. Es dient der Entlastung des Eisenbahnknotens Berlin sowie der Verkürzung der Fahrzeiten in Richtung Dresden und des Flughafens BER. Das Planfeststellungsverfahren hat sich in den letzten Jahren erheblich verzögert. Die Deutsche Bahn AG geht derzeit von einer möglichen Fertigstellung im Zeitraum 2025/2026 aus.
Eine Inbetriebnahme der Dresdner Bahn wird die direkte Anbindung des Flughafens an die Berliner Innenstadt ermöglichen. Im Zielzustand soll der Flughafen Express dann im 15-Minuten-Takt verkehren. Somit wird der Regionalverkehr innerhalb von 20 Minuten den Hauptbahnhof über die Bahnhöfe Potsdamer Platz und Südkreuz mit dem Flughafen verbinden. Die Linien des Regionalverkehrs, die bis dahin für die Flughafenanbindung eingesetzt werden, können danach neu geordnet werden.
S-Bahn
Mit der Eröffnung des Flughafens BER wird die S-Bahn-Neubaustrecke vom heutigen Bahnhof Flughafen Berlin-Schönefeld über den neuen Haltepunkt Waßmannsdorf zum Bahnhof Flughafen BER direkt unter dem neuen Flughafenterminal in Betrieb genommen. Dafür ist vorgesehen, die derzeit in Schönefeld endenden Linien S 9 und S 45 zum Flughafen BER zu verlängern. Der neue Flughafen wird im Tagesverkehr im 10 Minuten-Takt per S-Bahn angebunden.
Bus
Der Busverkehr bietet eine attraktive Ergänzung der hauptsächlich über die Schiene erfolgenden Anbindung des Flughafens BER. Das Kernangebot werden Expressbusse zwischen dem U-Bahnhof Rudow (Linie U7) und dem Flughafen BER mit Zwischenhalt am alten Terminal Schönefeld bilden. Weitere Flughafenanbindungen nach Schönefeld aus Richtung Neukölln, Köpenick, Adlershof und dem Berliner Südwesten sind ebenfalls in Planung. Im Umfeld des BER übernimmt der Bus die kleinräumige Erschließung.