Seit der Übernahme des Grundstücks durch die Wasserstadt GmbH (als treuhändischer Entwicklungsträger des Landes Berlin) im Jahr 1996 wurden auf dem Gelände umfangreiche Sanierungsmaßnahmen durchgeführt.
Im Anschluss an die Erkundung der Boden- und Grundwasserverunreinigungen fand ein Monitoring des Grundwassers statt. Das Messstellennetz umfasste 25 Grundwassermessstellen auf dem Grundstück und im Abstrom. Neben der Tiefenenttrümmerung im Bereich ehemaliger Bauwerke wurden insgesamt ca. 5.400 t Boden als gefährlicher Abfall im Bereich des ehemaligen Hafenbeckens ausgehoben und ordnungsgemäß entsorgt.
Im Herbst 2004 erfolgte ein Bodenaushub mittels überschnittener Großlochbohrungen im zentralen Grundstücksbereich einschließlich der Entsorgung von rund 2.600 t gefährlichem Abfall.
Nach Abschluss der Bodenaustauschmaßnahmen fanden im Jahr 2006 Grundwasseruntersuchungen sowie Labor- und Feldversuche zur Vorbereitung einer Grundwassersanierung statt. In den Jahren 2007 bis 2009 erfolgten mehrere Stufen einer kombinierten „chemisch-biologischen in-situ-Sanierung“.
Die Entwicklung der Grundwasserqualität wurde parallel mindestens zwei Mal jährlich an bis zu 30 Grundwassermessstellen im Rahmen eines Grundwassermonitorings überwacht. Die nochmalige Erweiterung des Grundwassermessstellennetzes im Jahr 2009 soll qualitativ hochwertige Aussagen zur künftigen Schadstoffentwicklung im Grundwasser sicherstellen. Der ehemalige Sanierungsbereich mit den dort befindlichen Grundwassermessstellen war aufgrund umfangreicher Erschließungs- und Instandsetzungsarbeiten rund um den früheren sogenannten Flaschenturm seit dem Frühjahr 2010 nur eingeschränkt zugänglich.
Nach Abschluss dieser Baumaßnahme wird das Grundwassermonitoring ab Herbst 2012 wieder regulär, jedoch nur noch einmal jährlich, fortgesetzt.
Weiterhin wurde im Jahr 2012 der Boden im Bereich nördlich des ehemaligen Jugend-Freizeit-Schiffes mittels Großlochbohrverfahren ausgehoben und ca. 4.000 t Boden als gefährlicher Abfall entsorgt.
Zur Bauvorbereitung wurden im Bereich des ehemaligen Hafenbeckens erneut zwei kleinflächige Schwerpunktbereiche mittels Bodenaushub in einer offenen Baugrube sowie im Schutze eines Verbau-Systems in 2016 saniert. Dabei wurden insgesamt weitere 1.000 t Boden als gefährlicher Abfall entsorgt.
In Folge der baulichen Entwicklung des Gesamtstandortes durch die Errichtung von Neubauten mussten einige Grundwassermessstellen an anderer Stelle neu errichtet werden. Das Messstellennetz umfasste 40 Grundwassermessstellen auf dem Grundstück und im Abstrom, von denen aktuell 32 Messstellen noch genutzt werden. Das Grundwassermonitoring wurde bis 2021 einmal jährlich fortgesetzt.
Im Ergebnis einer Machbarkeitsstudie zum Umgang mit dem im Zentralbereich noch vorhandenen Belastungen im Untergrund werden seit Anfang 2021 Erkundungen zur Prüfung von MNA/ENA-Maßnahmen (Monitored Natural Attenuation/ Enhanced Natural Attenuation) im Bereich des Abstroms vorbereitet und durchgeführt. Hierzu werden diverse Feld- und Laboruntersuchungen (u.A. in-situ Grundwasserprobenahme) in mehreren Erkundungsstufen durchgeführt. In diesem Zusammenhang wird auch temporär die Anzahl der Monitoringkampagnen ab 2022 auf 2 Kampagnen jährlich verdichtet.
