Der Große Müggelsee ist ein besonders schönes und beliebtes Naherholungsgebiet und gleichzeitig Lebens- und Rückzugsraum vieler gefährdeter Tier- und Pflanzenarten, darunter Arten und Lebensraumtypen, die europaweit geschützt sind.
Der Müggelsee wurde mit seinem Seitengewässer “Die Bänke” und dem Fredersdorfer Fließ als Landschaftsschutzgebiet und Teilflächen als Naturschutzgebiet gesichert. Die Ausweisung als Schutzgebiet dient dazu, den gesetzlichen Verpflichtungen zum Schutz der Natur nachzukommen, die Schönheit der Natur und einen intakten Müggelsee zur Erholung und Entspannung auch für kommende Generationen zu erhalten.
Während das LSG neben dem Schutz von Natur und Landschaft auch dem Zweck einer naturverträglichen Erholung auf dem Gewässer, an seinem Ufer und in den umgebenden Waldflächen dient, wurden Teilflächen mit Röhrichten, See- und Teichrosenbeständen, Erlenbrüche sowie ein Teil das Fredersdorfer Fließ wegen ihrer Bedeutung als Lebensraum gefährdeter Tier- und Pflanzenarten als NSG gesichert.