Trotz der Ausweisung von Schutzgebieten sterben weiterhin zahlreiche Tier- und Pflanzenarten aus. Denn trotz einer vermeintlich größeren Zahl an Naturschutz- und Landschaftsschutzgebieten sowie sonstiger Schutzgebiete gehen immer mehr wertvolle Flächen verloren. Die Landschaftsveränderungen in den letzten Jahren nahmen sogar in einem erschreckend schnellen Tempo zu: Täglich gehen in Deutschland circa 129 Hektar durch Überbauung und Versiegelung verloren. Dies entspricht der Größe von etwa 129 Fußballfeldern. So werden in Berlin durchschnittlich 150 ha pro Jahr baulich in Anspruch genommen.
Inzwischen weiß man um die am stärksten gefährdeten und seltenen Biotope. Meistens handelt es sich um naturnahe Lebensräume. Eine besondere Schutzausweisung dieser Flächen ist nicht erforderlich – das Bundesnaturschutzgesetz (§ 30) schützt bestimmte seltene und gefährdete Biotope unmittelbar. Im Land Berlin wird dieser besondere Schutz durch § 28 des Berliner Naturschutzgesetzes ergänzt.
Mit dem gesetzlichen Schutz sollen die geschützten Biotope vollständig und unversehrt erhalten und vor nachteiligen Veränderungen bewahrt werden. Alle Handlungen und Maßnahmen, die eine erhebliche oder nachhaltige Schädigung oder gar Zerstörung hervorrufen können, sind verboten und haben rechtliche Konsequenzen. Ausnahmen sind nur zulässig, wenn ein Ausgleich möglich ist, wenn also ein ähnliches Biotop andernorts hergestellt wird. Die Zulassung bedarf der Prüfung und Entscheidung durch die örtlich zuständige Naturschutzbehörde der Bezirke.
Für den Schutz der Uferröhrichte sieht das Berliner Naturschutzgesetz (§ 29 bis 32) darüber hinaus spezielle Regelungen vor.
Auch die Europäische Gemeinschaft erkannte, wie notwendig der unmittelbare gesetzliche Schutz bestimmter Biotope ist. Viele der europaweit seltenen und gefährdeten Biotope sollen im Rahmen des Programms NATURA 2000 als Lebensraumtypen gemäß der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie von vornherein unter Naturschutz gestellt werden. Berlin kann mit einigen dieser seltenen und gefährdeten Biotope aufwarten.
Viele geschützte Biotope liegen in größeren Natur- und Landschaftsschutzgebieten oder sind als Naturdenkmale unter Schutz gestellt. In solchen Fällen haben die spezielleren Vorschriften der jeweiligen Schutzgebietsverordnung Vorrang.
