Bereits in den 30er Jahren wurde die Spandauer Zitadelle als eines der bedeutendsten Fledermaus-Winterquartiere der Norddeutschen Tiefebene erkannt. Biologen markierten dort die ersten Fledermäuse in Europa. Dadurch wurde es möglich, die saisonalen Wanderungen von Fledermäusen zu erkennen und festzustellen, dass Fledermäuse an ihren einmal ausgewählten Winter- und Sommerquartieren ein Leben lang festhalten – die wichtigste Grundlage für den heutigen Fledermausschutz.
Dass Berlin wie keine andere Großstadt Mitteleuropas Fledermäuse in großer Zahl beherbergt, war 1987 für die damalige Senatsverwaltung für Stadtentwicklung und Umweltschutz Anlass, eines der bundesweit ersten Artenhilfsprogramme für Fledermäuse ins Leben zu rufen.
Schwerpunkt des Artenhilfsprogramms ist das Winterquartiermanagement, bei dem Berlin bundesweit nicht nur die größten Erfahrungen, sondern vor allem auch die größten Erfolge vorzuweisen hat.