Die Neubearbeitung der Roten Listen folgt i.d.R. nach der bundesweiten Methodik von Ludwig et al. (2009). Weitere Erläuterungen zur Methodik finden sich unter:
Die die Definition der Gefährdungskategorien und die Festlegung von Kriterien zur Gefährdungseinstufung in den 2005 publizierten (alten) Berliner Roten Listen entsprechen im Wesentlichen den Vorgaben aus den Arbeiten von SCHNITTLER et al. (1994), SCHNITTLER & LUDWIG (1996) und BINOT et al. (1998). Davon abweichend werden die Kategorien G (= Gefährdung anzunehmen) und R (= natürlicherweise selten, geographische Restriktion) beibehalten. Auch wird nicht zwischen EX (= Extinct), EW (= Extinct in the Wild) und RE (= Regionally Extinct) unterschieden. Die Kategorien “*” (= derzeit nicht als gefährdet angesehen) und “**” (= mit Sicherheit ungefährdet) werden zu einer Kategorie zusammengefasst, für die das Symbol “-” verwendet wird.
Die Rote-Liste-Kategorien 0 bis 3, R und G werden nur auf Arten angewendet, die in Berlin bodenständig bzw. fest eingebürgert sind und deren taxonomischer Status geklärt ist.
Zusätzlich zu dem in den Roten Listen genannten Gefährdungsstatus der Arten wird der gesetzliche Schutzstatus aufgeführt. Hierbei werden allen Arten berücksichtigt, die nach dem BNatSchG als “besonders geschützt” oder “streng geschützt” gelten. Weiter werden Arten des Anhangs II der FFH-Richtlinie, prioritäre Arten des Anhangs II der FFH-Richtlinie und Arten des Anhangs I der EU-Vogelschutzrichtlinie besonders gekennzeichnet.