Der überwiegende Teil der Biotopverbundflächen liegt am Stadtrand, insbesondere im Südwesten, Südosten, Nordwesten und Norden. Die geschlossene Bebauung der Innenstadt stellt für sehr viele Arten eine erhebliche Barriere dar. Eine Entwicklung des Biotopverbunds in der Innenstadt ist deshalb von besonderer Bedeutung. Bestehende Freiflächen sollten deshalb soweit möglich erhalten für die Funktionsfähigkeit und Verbesserung des Biotopverbundes gesichert oder dahingehend weiterentwickelt werden. Eine notwendige Anbindung an den Stadtrand ist von großer Bedeutung. Aber auch in den Stadtrandbereichen Berlins ist die Vernetzung der Biotope von großer Wichtigkeit.
Berlin verfügt über ausgedehnte Waldflächen. Waldbewohnende Tier- und Pflanzenarten sind an eine sich nur langsam wandelnde Umwelt angepasst und haben deswegen oft eine gering ausgeprägte Ausbreitungsfähigkeit. Eine Vernetzung der unterschiedlichen Waldgebiete innerhalb Berlins ist allerdings kaum möglich. Hier kommt der Anbindung an Brandenburger Waldflächen eine besondere Bedeutung zu.
Innerhalb der Waldgebiete siedeln viele Arten auf Lichtungen und an Wegrändern. Sie benötigen gebietstypische Pflanzenstrukturen. Geschlossene, schattige Waldbestände mit exotischen Gehölzen stellen für diese Arten mitunter unüberwindbare Barrieren dar. Auch die Verwendung von Kiefern-Monokultur lassen Barrieren für einheimische Arten wie den europarechtlich geschützten Heldbock entstehen.
Wichtige Verbindungsstrukturen für den Biotopverbund sind Gewässer, Gewässerufer und Flächen entlang der Verkehrswege, insbesondere entlang der Bahntrassen. Ein Beispiel für die große Bedeutung der Bahntrassen als Ausbreitungskorridore innerhalb der Stadt ist die rezente Einwanderung der Italienischen Schönschrecke. Diese deutschlandweit vom Aussterben bedrohte Heuschrecke konnte in den letzten Jahren aus Brandenburg kommend mehrere Populationen im Stadtgebiet aufbauen, überwiegend auf Bahnbrachen. Die Hauptfließgewässer der Stadt sind die entscheidende Verbindungsstruktur für aquatische und am Ufer lebende Organismen. Hierzu gehört auch der Biber, der entlang der offenen Gewässer wandert und somit seinen Lebensraum erschließt. Der innerstädtischen Qualität dieser Gewässer kommt damit auch im überregionalen Verbund die Stellung eines Nadelöhrs zu, das nördlich und südlich der Stadt gelegene Populationen von Zielarten voneinander trennt. Mit der Beseitigung
innerstädtischer Barrieren wird der gesetzliche Auftrag eines länderübergreifenden Biotopverbundes realisiert.
