Aufgrund der speziellen städtischen Bedingungen in Berlin wurde als methodischer Ansatz zur Prüfung geeigneter Flächen für den Biotopverbund ein eigenes Zielartenkonzept entwickelt. Zielarten sind Tier- und Pflanzenarten, die in besonderem Maße auf räumliche und funktionale Verknüpfungen angewiesen sind und von deren Schutz weitere Arten profitieren können.
Für die ausgewählten Organismengruppen wurden 34 Zielarten festgelegt, die in Berlin bedrohte Arten und Lebensraumkomplexe repräsentieren und gleichzeitig einen hohen Mitnahmeeffekt für eine Reihe gleichfalls gefährdeter, anspruchsvoller Arten haben.
Für die Lebensraumkomplexe wurden die Entwicklungsziele und Maßnahmen für den Biotopverbund auf der Basis der Steckbriefe der 34 Zielarten ermittelt und herausgearbeitet.
Die Verbreitung wurde in Zielartenkarten mit potentiell geeigneten Gebieten und Gebieten mit Verbindungsstrukturen sowie Ausbreitungsbarrieren dargestellt.
Für die Darstellung des Biotopverbundsystems im Programmplan Biotop- und Artenschutz wurden die Biotopverbundflächen aller Zielarten überlagert und ein Gesamtbild der Flächenkulisse des Biotopverbunds in Berlin erstellt. Die Flächen werden differenziert nach aktuell genutzten und potentiellen Verbundflächen dargestellt.