Der Programmplan Biotop- und Artenschutz zielt darauf, Vorkommen und Lebensräume von Tier- und Pflanzenarten in ganz Berlin zu erhalten und zu entwickeln. Er trifft Aussagen zum Bestand und zu Bestandszielen und zeigt Entwicklungsziele und Maßnahmen auf, die die Lebensbedingungen der wild lebenden Pflanzen und Tiere verbessern. Der Plan umfasst zugleich die programmatischen Inhalte des Artenschutzprogramms, soweit sie räumlich darstellbar sind.
Der Plan ist darauf ausgerichtet, Räume und Verbindungsflächen zu sichern, die für die biologische Vielfalt wertvoll sind. Er berücksichtigt aktuelle Bestandskartierungen und stellt die Kernelemente des Biotopverbunds, Verbindungsflächen und weitere Räume zur Biotopentwicklung dar. Zum Biotopverbund zählen Natura 2000-Gebiete, Schutzgebiete und schutzwürdige Gebiete, lineare Biotopverbindungen und Flächen für die Biotopvernetzung auch im Siedlungsgebiet. Wichtige kleinflächige Einzelbiotope ergänzen dieses System.
Schutz-, Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen, die der Plan vorschlägt, richten sich nach Bedeutung und Wert dieser Flächen. Zu diesen Maßnahmen zählt auch die Ausweisung rechtsverbindlicher Schutzgebiete. Den Biotopverbund zu fördern, indem kleinere und größere Lebensräume erhalten, gesichert und über Grünräume vernetzt werden, gewährleistet gerade bei weniger mobilen, auf bestimmte Biotopstrukturen spezialisierten Arten den Austausch zwischen Populationen. Das stärkt die biologische Vielfalt.
Der Plan benennt Leitlinien (Maßnahmenbündel) für die Biotopentwicklung in größeren Gebieten der Stadt (Biotopentwicklungsräume). Diese Leitlinien sollen in vorhandene oder geplante Flächennutzungen integriert und in teilräumlichen und örtlichen Konzepten differenziert werden.