Mit dem naturschutzrechtlichen Ökokonto werden anerkannte Ausgleichs- oder Ersatzmaßnahmen vorgezogen umgesetzt. Sie können später zur Kompensation eines Eingriffs eingesetzt werden. Im Gegensatz zum Berliner Ökokonto kann „jeder“ ein naturschutzrechtliches Ökokonto entwickeln und betreiben.
Interessenten für ein Ökokonto müssen über Flächen verfügen, die eine gewisse Größe und ein gewisses Aufwertungspotential aufweisen. Die oberste Naturschutzbehörde des Landes Berlin (ONB) prüft die von den Ökokontobetreibenden geplanten naturschutzfachlichen Maßnahmen vor ihrer Durchführung und erkennt sie zur Verbuchung in ein naturschutzrechtliches Ökokonto an. Dabei sind verschiedene Voraussetzungen zu erfüllen. Beispielsweise dürfen Maßnahmen nicht dem Landschaftsprogramm und weiteren Planungen des Landes Berlin widersprechen und müssen rechtlich gesichert werden
(siehe § 16 Bundesnaturschutzgesetz und § 18 Berliner Naturschutzgesetz).