Unter den Berliner Museen sind etwa mit dem Pergamonmuseum, der Gemäldegalerie oder dem Naturkundemuseum große Häuser von Weltrang. Es gehören aber auch die bezirklichen Heimatmuseen – der Lokalgeschichte gewidmet – dazu, sowie hochkarätige Spezialmuseen. So verfügt das Bauhaus-Archiv über die international bedeutendste Bauhaus-Sammlung, das Schwule Museum ist in seiner Art in Europa einzigartig und das Deutsche Technikmuseum bietet mit seinem Spectrum/Science Center einen facettenreichen Einblick in die Kulturgeschichte der Technik.
Nicht nur die Profile, Größe und Ausrichtung der Berliner Museen, sondern auch die Trägerschaft und Finanzierung unterscheiden sich erheblich. Neben teils sehr erfolgreich privat betriebenen und finanzierten Häusern erhalten viele Berliner Museen eine institutionelle Förderung aus öffentlicher Hand – sowohl durch die Bezirke als auch durch das Land Berlin und den Bund.
Die vier Berliner Landesmuseen – das Bröhan-Museum für Jugenstil, Art Deco und Funktionalismus, die Berlinische Galerie/Museum für moderne Kunst, das Deutsche Technikmuseum und das Stadtmuseum – unterliegen als öffentlich-rechtliche Stiftungen der Rechtsaufsicht des Landes Berlin. Das Brücke-Museum ist eine nachgeordnete Einrichtung der Kulturverwaltung. Viele andere, etwa das Bauhaus-Archiv, die Domäne Dahlem, das Schwule Museum und das Werkbund-Archiv werden von Vereinen oder privaten Stiftungen betrieben und erhalten eine institutionelle Landesförderung.
Gemeinsam haben alle institutionell geförderten Museen, dass sie sich an den Kriterien des International Council of Museums (ICOM) orientieren, nämlich „eine gemeinnützige, ständige, der Öffentlichkeit zugängliche Einrichtung [zu sein] die zu Studien-, Bildungs- und Unterhaltungszwecken materielle Zeugnisse von Menschen und ihrer Umwelt beschafft, bewahrt, erforscht, bekannt macht und ausstellt.“
Zur Stiftung Preußischer Kulturbesitz – die der Bund gemeinsam mit allen Bundesländern trägt – gehören mit den 17 Staatlichen Museen die großen Häuser auf der Museumsinsel, auf dem Kulturforum in Tiergarten sowie in den Museumszentren in Charlottenburg und Dahlem. Das Charlottenburger Schloss und das Schloss Schönhausen sind Teil der Stiftung Preußische Schlösser und Gärten Berlin-Brandenburg, einer gemeinsamen Landesstiftung unter finanzieller Beteiligung des Bundes. Der Bund engagiert sich zudem beim Jüdischen Museum, dem Deutschen Historischen Museum, dem Alliiertenmuseum, dem Deutsch-Russischen Museum, sowie den Berliner Dependancen vom Haus der Geschichte an den Standorten Tränenpalast und Kulturbrauerei. Die immer weiter wachsende private Museumslandschaft wird von der Berliner Kulturpolitik mit Beratung, Öffentlichkeitsarbeit und Projektförderungen unterstützt.
Mit den KW-Kunstwerke Berlin, dem Künstlerhaus Bethanien oder dem Haus am Waldsee werden auch Häuser institutionell gefördert, die keine eigenen Sammlungen haben, sondern sich als Plattformen für aktuelle Kunstproduktion verstehen.
Auch die kommunalen Galerien in den Bezirken werden für ihre Programm- und Ausstellungsarbeit mit Landesmitteln unterstützt. Ebenfalls eine institutionelle Förderung erhält der Verein Jugend im Museum. Als Partner von Berliner Museen ergänzt er die Vermittlungsarbeit der Museumspädagogik zu Ausstellungs- und Sammlungsinhalten durch die künstlerische Auseinandersetzung.
Alle institutionell geförderten Museen und Einrichtungen Bildender Kunst sind verpflichtet, größtmögliche Teilhabegerechtigkeit zu erreichen und den Themen „Barrierefreiheit“ und „Kulturelle Bildung“ besondere Aufmerksamkeit zu widmen. Der Eintritt für Kinder und Jugendliche unter 18 Jahren ist frei.