Mit den Projekten des Berliner Ökokontos werden Kompensationsmaßnahmen gebündelt und in einen räumlichen Zusammenhang gebracht. So wird großräumig ein Mehrwert für Natur und Landschaft, aber auch für Erholungssuchende geschaffen. Maßnahmen des Artenschutzes werden – soweit möglich – ebenfalls integriert. Entsprechende Aufwertungspotenziale bieten die großen Berliner Naherholungslandschaften, Biotopverbundräume entlang von Gewässern oder auch einzelne Biotope, die in ihrer Summe viele Punkte ergeben.
Für die konkrete Umsetzung der Ökokontoprojekte wird im Einvernehmen mit dem jeweiligen Bezirk ein übergeordnetes Entwicklungs- und Maßnahmenkonzept erstellt, das die Grundlage für die Einbuchung in das Ökokonto bildet. Darin werden die naturräumlichen und funktionalen Qualitäten des Landschaftsraums herausgearbeitet, konkrete Maßnahmentypen definiert, das Aufwertungspotenzial ermittelt und Kostenprognosen erstellt.