Der von einer hohen Mauer umgebene große kahle Hof weckt die Assoziation eines Gefängnishofes oder Appellplatzes. In der einen Ecke steht ein Glockenturm aus Betonteilen. Gegenüber liegt die Kirche als zweigeschossiger verblendeter Stahlbetonbau, der zu schweben scheint, in der Oberkirche die Tauf- und Beichtkapelle, zu ebener Erde ein kryptaartiger Gedenk- und Andachtsraum. Zahlreiche Skulpturen, u.a. Sitzende Madonna aus Südfrankreich um 1320; vergoldete Plastik von Fritz König über dem Eingang. Im Gedenkraum der “Märtyrer für Glaubens- und Gewissensfreiheit” Pieta von Fritz König, ferner vier Bodenplatten mit Inschriften zum Gedenken an Opfer der NS-Gewaltherrschaft.
Hier befindet sich auch das Grab des 1934 von den Nationalsozialisten erschossenen Leiters der Katholischen Aktion, Erich Klausener und eine Gedenkstätte für den Dompropst Lichtenberg, der 1943 auf dem Weg ins Konzentrationslager starb.
Im März 2008 überträgt das Erzbistum Berlin die geistliche Leitung der Gedenkkirche an den Jesuiten-Orden, der sie als eigenständige Rektoratskirche und als Hauskirche des Gymnasiums “Canisius-Kolleg” in Tiergarten führen will.
Den matt erhellten Andachtssaal der Oberkirche beherrscht ein großes Altarwandbild von Georg Meistermann, eine Vision des himmlischen Jerusalem.