Bereits 1828 wurde das Ägyptische Museum als selbständige Abteilung der Preußischen Kunstsammlung eröffnet. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden Bestände auf zwei Standorte aufgeteilt: das Bodemuseum in Ost-Berlin und von 1967 bis 2005 der östliche Stülerbau in West-Berlin gegenüber dem Schloss Charlottenburg unter Einbeziehung des ehemaligen Marstalls, der 1855-58 von Wilhelm Drewitz erbaut wurde.
Es handelt sich um eine der weltweit bedeutendsten Sammlungen der ägyptischen Hochkultur mit weltberühmten Exponaten aus der Zeit König Amenophis IV./Echnaton (1353-1336 v.Chr.): Königin Nofretete, Königin Teje u.a. Ägyptische Ansprüche, die Büste der Nofretete zurück zu erhalten, weißt die Stiftung Preußischer Kulturbesitz zurück mit Verweis auf die 1913 vertraglich vereinbarte Fundteilung, die den deutschen Entdeckern die Nofretete zugewiesen hat. Nach Fertigstellung der Instandsetzung des Neuen Museums ist die Rückführung der Sammlung an ihren angestammten Ort vorgesehen, bis dahin wurde sie im Alten Museum Berlin am Lustgarten in Mitte untergebracht.
Der östliche Stülerbau wurde von 2005 bis 2008 umgebaut für die Sammlung Scharf-Gerstenberg , die am 10.7.2008 eröffnet wurde.
