Eine Influenza-Pandemie wäre für die Krankenhäuser eine besondere Belastung, da viele Patientinnen und Patienten von wenig Personal behandelt werden müssten. Einer vorbereitenden Planung kommt daher besondere Bedeutung zu.
Zu den Maßnahmen gehören unter anderem die Einhaltung einer getrennten Wegeführung für Influenza-Erkrankte und Krankheitsverdächtige von den anderen Patientinnen und Patienten im gesamten Krankenhaus sowie eine ausreichende Versorgung mit Beatmungsgeräten, Medikamenten und anderer medizinischer Ausrüstung, um die Ausbreitung des Erregers einzudämmen. Für jede Klinik muss ein Standort für eine zusätzliche Notaufnahme festgelegt werden – idealerweise außerhalb des Krankenhauses, zum Beispiel in einem separat stehenden Gebäude. Influenza-Erkrankte müssen außerdem auf speziell ausgewiesene Influenza-Stationen mit der Möglichkeit einer intensivmedizinischen Betreuung verlegt werden.