Schon seit 1971 hatte es eine Städtepartnerschaft zwischen der Hauptstadt der ehemaligen DDR und Prag gegeben.
Mit der Unterzeichnung der „Gemeinsamen Erklärung“ zur Zusammenarbeit zwischen Berlin und Prag durch den Regierenden Bürgermeister von Berlin und den Primátor der Hauptstadt Prag am 10. Juni 1995 und der Einweihung des Comenius-Gartens in Berlin-Neukölln, dessen Schirmherren beide Stadtoberhäupter sind, wurde die Partnerschaft erneut begründet.
Von Anfang an prägte die böhmische Migrationsgeschichte Berlins die Städtepartnerschaft zu Prag. An die Geschichte der böhmischen Flüchtlinge, die in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts nach Rixdorf (heute Berlin Neukölln) kamen, erinnern heute noch die Straßen des Böhmischen Dorfes, der damals eröffnete Comenius-Garten und das „Museum im Böhmischen Dorf“. Einen ganz besonderen Schatz stellt das 2019 eröffnete Archiv des Böhmischen Dorfes mit zahlreichen Lebensbeschreibungen und Predigten der Glaubensflüchtlinge dar.
Die Beziehungen zwischen Prag und Berlin sind lebendig und vielfältig. Es finden regelmäßig Expertenaustausche zu Fragen von Stadtentwicklung und innovativen Verkehrskonzepten, Tourismus, Bürgerbeteiligung und Wohnungsformen statt. In Berlin bestehen sehr gute Beziehungen zur tschechischen Botschaft und zum Tschechischen Zentrum; bei vielen Kulturprojekten – gerade auch im Bereich Theater und Literatur – gibt es hier eine enge Zusammenarbeit. Regelmäßig bringen die Senatskanzlei und das Tschechische Zentrum Vertreterinnen und Vertreter der Zivilgesellschaft bei deutsch-tschechischen Netzwerktreffen zusammen. Langjährige Partnerschaften bestehen sowohl zwischen Universitäten, Hoch- und Fachschulen wie auch zwischen Berliner und Prager Schulen.
