Zielsetzung für die wissenschaftliche Begleitung war die prozessorientierte Evaluation der Entwicklung und Implementierung der Pilotphase Gemeinschaftsschule. Das bedeutet, die Schulen wurden im gesamten Qualifizierungsprozess begleitet und erhielten Hilfe bei der Entwicklung und kontinuierlichen Überprüfung ihrer Ziele und Qualitätskriterien.
Insgesamt bezogen sich die wissenschaftlichen Fragestellungen auf acht Themen:
1. Rahmenbedingungen
2. Entwicklung schulformbezogener Angebote
3. Entwicklung von Schulwahlmotiven und Entscheidungspräferenzen der Eltern
4. Management und Organisation der Schulen
5. Schulische Leistungen (u.a. Lernstandserhebungen in vier Fächern)
6. Schulklima
7. Gestaltung von Lernen und Unterricht
8. Transfereffekte.
Die Beauftragung zur wissenschaftlichen Begleitung erfolgte nach einer europaweiten Ausschreibung: Das Konsortium, besteht aus Rambøll-Management, der Arbeitsstelle für Schulentwicklung und Schulentwicklungsforschung der Universität Hamburg und den Schulentwicklungsexperten Ulrich Vieluf und Professor Dr. Johannes Bastian.
Die Zwischenberichte von 2008 bis 2013 finden sie nachstehend.