Im 19. Jahrhundert entwickelte sich eine Art Vorläufer der Berliner Wasserschutzpolizei.
Es entstand ein “Berliner Schiffahrtsbureau”, das dem Königlichen Polizeipräsidium, Kommando der Schutzmannschaft, unterstand.
Zur Erfüllung hoheitlicher Aufgaben wurden uniformierte Polizeibeamte hinzugezogen.
Die Kernmannschaft des Bureaus bestand aus Strommeistern und Hafenmeistern.
Aus dem Jahre 1908, genauer vom 18.06.1908, datiert ein Vermerk, der feststellt, dass die Verwaltung der Wasserstraßen auf den Polizeipräsidenten von Berlin übertragen wird.
Im Jahre 1932 erfolgte die Anpassung des Reichswasserschutzes (RWS) an die preußische Schutzpolizei. Der RWS mit seinem Personal und seiner Technik wurde in die Strukturen der Schutzpolizei eingefügt und übernahm auch die Aufgaben der Schutzpolizei.
1945 nennt sich die neu aufgestellte Führung der Abteilung Wasserschutzpolizei „Wasserschutzpolizei-Inspektion“. Bis zur Teilung Berlins war sie in das WSP-Revier Baumschulenweg mit den WSP-Stationen Köpenick und Osthafen sowie in das WSP-Revier Spandau mit der WSP-Station Scharfe Lanke gegliedert.
1950 wurde die WSP-Station Scharfe Lanke mit dem Umzug in den sogenannten „Goebbels`schen Pferdestall“ aufgelöst. Das neue Revier Schwanenwerder entstand.
1953 zog das mittlerweile umbenannte Revier Westhafen (Mitte) zum zweiten Mal um – zum heutigen Standort in Moabit.
Im selben Jahr wird in der WSP-Inspektion Berlin Ost das Revier Baumschulenweg gebildet.
Im Laufe der Jahre kamen in beiden Teilen Berlins Nebenwachen hinzu, Gebäude wurden neu errichtet, Namen der Wachen/Reviere geändert.
Ab dem 13. August 1961 wurden Boote und Personal der WSP Ostberlin auch zum „Schutz der Staatsgrenze“ eingesetzt.
Im Rahmen der Polizeireform in Westberlin 1974 wurde die WSP ein Referat der Direktion für Spezialaufgaben der öffentlichen Sicherheit und des Straßenverkehrs (Direktion ÖS/SV).
1990 erfolgte durch die Wiedervereinigung der Zusammenschluss der
Wasserschutzpolizeien. Die gemeinsame Leitung zog zu seinem Ursprungsort Baumschulenstraße 1, in Berlin-Treptow. Dem Referat unterstanden somit die Wachen Spandau (1), Westhafen (2), Schwanenwerder (3), Baumschulenweg (4) sowie die Nebenwachen Schmöckwitz und Teltowkanal. In den späteren Jahren wurden die Nebenwachen geschlossen.
2008 fusionierten die Dienststellen WSP 1 und WSP 3 aufgrund erforderlicher Umstrukturierungsmaßnahmen zur heutigen Wache WSP West. Die WSP 3 auf der Insel Schwanenwerder wurde geschlossen. Die WSP West ist im ehemaligen Gebäude der WSP 1, welches umfassend saniert wurde, untergebracht.
Die Wachen WSP 2 (heute WSP Mitte) und WSP 4 (heute WSP Ost) blieben an ihren Standorten.