Im Rahmen der preußischen Reformen wurde 1809 das Amt des Polizeipräsidenten von Berlin als staatliche Polizeibehörde geschaffen. Er war Leiter des Polizeipräsidiums zu Berlin. Die Verwaltungsleiter der preußischen Regierungsbezirke, Regierungspräsidenten genannt, wurden damals nicht nach ihrer örtlichen Zuständigkeit, als von, sondern nach ihrem Sitz, also in benannt (z.B. Regierungspräsident in Potsdam).
Der erste Polizeipräsident Justus Gruner war noch nicht im Rang eines Regierungspräsidenten, hatte aber weitestgehend dessen Aufgaben.
Erst in der Weimarer Republik erhielt er ab 1929 die Bezeichnung ‚Polizeipräsident in Berlin‘, da er gemeinsam mit den preußischen Regierungspräsidenten an den ständigen Sitzungen des Innenministeriums zur Bündelung der demokratischen Kräfte gegen den wachsenden politischen Extremismus teilnahm.
Auch nach der Auflösung Preußens 1947 wurden das Amt und seine Bezeichnung namentlich beibehalten.