Die Auswahl der Unterkunftsstandorte ist so divers wie die Unterkünfte selbst und so vielschichtig wie die jeweils vorausgegangenen fachlichen und politischen Entscheidungsprozesse. Allen Standortentscheidungen gemein ist, die zuvor erfolgte Abstimmung zwischen dem LAF und den zuständigen Senatsbehörden mit den Bezirken.
In den Jahren 2014 bis 2016, mit hohen Zahlen ankommender Geflüchteter, war ein erstes Kriterium die kurzfristige Verfügbarkeit von freien Flächen für die, auf eine begrenzte Nutzungsdauer angelegten, Containerbauten. Dies galt ebenso für die seinerzeit bereits vorhandenen Gebäude (sog. Bestandsgebäude), die kurzfristig für die Unterbringung von Geflüchteten umfunktioniert bzw. mit geringem Aufwand umgebaut wurden. Bedacht wurde dabei immer die Notwendigkeit einer relativ gleichmäßigen Verteilung in der Stadt.
Seither haben die zuständigen Senatsbehörden und das LAF selbst für die Weiterentwicklung des LAF-Unterkunftsportfolios eine Reihe von Kriterien für die Standortwahl als Grundlage für die fachlichen und politischen Entscheidungsprozesse erarbeitet.
Mit den Senatsbeschlüssen S-92572016 aus dem Jahr 2016 und S-1104/2018 aus dem Jahr 2018 wurden beispielsweise ca. 60 Grundstücke für Neubauten in Modulbauweise für die Unterbringung von Geflüchteten (sogenannte MUF) beschlossen. Die Standorte wurden einem sogenannten Quick-Check-Verfahren durch die damalige Senatsverwaltung für Stadtentwicklung und Wohnen (SenSW) unterzogen. Die SenSW gab unter Einbindung der Landesbehörden und bezirklichen Fachämter unter anderem zu den Kriterien Planungsrecht, städtebauliche Einbindung, Naturschutz, Immissionsschutz und Denkmalschutz eine Einschätzung ab.
Das LAF hat zudem die Lage der Unterkünfte im Quartier (bspw. Gewerbe-, Wohn- oder Mischgebiet) sowie die Anzahl der Unterkünfte in der Umgebung betrachtet.
Nach der konkreten Entscheidung für einen Standort wird durch das LAF auf Basis der aktuellen Daten des Amtes für Statistik Berlin-Brandenburg eine Sozialraumanalyse erarbeitet. So werden beispielsweise folgende Kriterien für die neue Unterkunft analysiert: Wohnumfeld, ÖPNV-Anbindung, Sozialumfeld, Auslastung von Kita- und Schulplätzen, Grünflächen, Quartiersmanagement.
Das Quick-Check-Verfahren und die Sozialraumanalyse sind mittlerweile fester Bestandteil des Verfahrens zur Standortwahl.