Der Machtantritt der Nationalsozialisten bedeutete eine Entmachtung kommunaler Stellen. Das Bezirksamt wurde, wie die gesamtdeutsche Verwaltung, zum Ausführungsorgan der NS-Gesetze und Verordnungen. Das Gebäude überlebte den 2. Weltkrieg stark beschädigt. Doch die Arbeit ging weiter, Krisenmanagement war das Gebot der Stunde. Das Rathaus wurde für die Bevölkerung zur wichtigen Anlaufstelle: Hier war das Wohnungsamt und hier gab es Bezugsscheine – für Lebensmittel, Kohlen, Seife.
Auch wurde in der schweren Stunde versucht, schnell wieder das kulturelle Leben anzugehen: Für eine Theateraufführung im Bürgersaal diente ein Holzbrikett als Eintrittskarte.
Nach der politischen Spaltung der Stadt und der Blockade Berlins durch die Sowjets kam man auf die Idee, das Rathaus Schöneberg vorübergehend für die „Westberliner Regierung“ zu nutzen.
Der Bürgersaal wurde nun zum Plenarsaal umgebaut und der Bezirksbürgermeister räumte seinen Platz für den Regierenden Bürgermeister.
Über vierzig Jahre lang teilte sich der Bezirk Schöneberg „sein“ Rathaus mit der Berliner Stadtregierung – was zunächst ein Provisorium war, schien zur Dauerlösung zu werden. Hier arbeiteten Ernst Reuter, Willy Brandt und Richard von Weizsäcker, hier schrieben sich John F. Kennedy, Queen Elisabeth II. und unzählige andere Staatsgäste ins „Goldene Buch“ ein.
Vom Turm aus läutete die Freiheitsglocke ihre Botschaft in die Berliner Luft und auf dem Platz vor dem Rathaus versammelten sich Hunderttausende zu politischen Kundgebungen im Zeichen des Kalten Krieges.
Kennedys wohl berühmtester Satz: „Ich bin ein Berliner” wurde hier 1963 als wichtige Solidaritätsbekundung Amerikas von den Berliner_innen begeistert aufgenommen. Das tiefe Entsetzen der Bevölkerung nach seiner Ermordung spiegelte sich u.a. auch vor dem Rathaus wider und der Vorplatz wurde in Gedenken in „John-F.-Kennedy-Platz“ umbenannt.
Zur 750 Jahr Feier Berlins 1987 erstrahlte das Haus in neuem „alten Glanz“, zwei Jahre später fiel die Mauer, die Regierung zog ins Rote Rathaus, der ehemalige Preußische Landtag wurde der Sitz des Abgeordnetenhauses und der Bezirk hatte den gewaltigen Gebäudekomplex wieder für sich.
Heute arbeitet der Bezirksbürgermeister wieder in den angestammten Räumen, am originalen Schreibtisch von Alexander Dominicus und man kann den Glanz des Hauses noch deutlich anhand der wunderschönen repräsentativen Räumlichkeiten spüren..