Der zweite Weltkrieg hinterließ Spuren.
Schöneberg wurde stark zerstört. Auch das Rathaus Schöneberg war in einem trostlosen Zustand. Von der Zerstörung betroffen waren insbesondere der Turm und der BVV-Saal.
In den Jahren 1945-1955 wurde das Rathaus Schöneberg wieder aufgebaut.
Die politische Spaltung Berlins im November 1948 führte zu der Überlegung, dass sich der Bürgersaal (heute: Willy-Brandt-Saal) des Schöneberger Rathauses gut für die Sitzungen des Parlaments eignen würde.
Dies machte die Bezirksverwaltung einerseits nur zu „Untermietern im eigenen Haus“, andererseits ist genau dies der Grund, warum sich das Rathaus Schöneberg von den übrigen „Bezirksrathäusern“ abhebt und eine herausgehobene Bedeutung hat. Diese Bedeutung wirkt noch heute nach.
Im Januar 1949 fand die erste Sitzung der Stadtverordnetenversammlung (heute Abgeordnetenhaus) im Schöneberger Rathaus statt.
Für über 40 Jahre, bis zum Fall der Mauer, hatten der Senat und das Abgeordnetenhaus zusätzlich und sozusagen als „Untermieter“ des Bezirks hier ihren Sitz.
Das Schöneberger Rathaus war politischer Mittelpunkt der geteilten Stadt Berlin. Immer wieder versammelte sich hier die Berliner Bevölkerung:
- am 12.05.1949 nach Aufhebung der Berliner Blockade
- am 24.10.1950 bei der Übergabe der Freiheitsglocke
- am 16. und 19.08.1961 zum Protest gegen den Bau der Mauer
- am 26.06.1963 hielt der amerikanische Präsident John F. Kennedy seine unvergessliche Rede „ich bin ein Berliner“, nach seiner Ermordung im November 1963 wurde der Platz vor dem Rathaus Schöneberg in John-F.-Kennedy-Platz umbenannt (vorher hieß er Rudolph-Wilde-Platz nach dem ersten Bürgermeister der Stadt Schöneberg)
Am 09. November 1989 fiel die Berliner Mauer, Berlin war nicht länger geteilt.
Nach der deutschen Wiedervereinigung gab es für das „Provisorium“ keine Notwendigkeit mehr. Der Regierende Bürgermeister und die Senatskanzlei ziehen 1991 ins Rote Rathaus und das Abgeordnetenhaus zieht 1993 in das ehemalige Gebäude des Preußischen Landtages.
Seit dem „gehört“ das Schöneberger Rathaus wieder dem Bezirk.