Das Land Berlin fördert besondere Forschungsvorhaben, Professuren und Netzwerke über die Einstein Stiftung Berlin. Sie wurde im Jahr 2009 vom Land Berlin initiiert, um exzellente Wissenschaft in Berlin zu fördern. Das vom Land Berlin eingebrachte Stiftungskapital beträgt 5 Millionen Euro. In einem gutachterlichen Verfahren vergibt sie Mittel an die vier Berliner Universitäten oder die Charité. Weitere Forschungseinrichtungen aus Berlin können als Kooperationspartner mit einbezogen werden.
Es werden mit den Einstein-Professuren herausgehobene Berufungen ermöglicht, internationale Gastforscherinnen und -forscher als Visiting Fellows eingeladen und übergreifende, besonders zukunftsträchtige Projekte als Einstein-Forschungsvorhaben unterstützt. Mit der Förderung des Einstein-Zentrums EC Math wird die erfolgreiche Arbeit des Forschungszentrums Matheon fortgesetzt. Seit 2015 wird das Einstein-Zentrum Chronoi von der Stiftung gefördert, im Jahr 2019 wurde es offiziell eröffnet. Im Jahr 2017 wurde das Einstein Center Digital Future als Teil der landesweiten Digitalisierungsstrategie ins Leben gerufen: Hier wird fächer- und institutionsübergreifend die digitale Zukunft mit über 50 Professuren erforscht.
Das Programm zur Förderung der Wissenschaftsfreiheit wird durch die Einstein Stiftung Berlin in Kooperation mit den vier Berliner Universitäten und der Charité-Universitätsmedizin umgesetzt. Über Gastprofessuren (Einstein Guest Researchers) und Stipendien (Einstein Junior Scholars) konnten seit 2018 mehr als 30 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die in ihren Heimatländern nicht mehr frei forschen und lehren können, ihre akademische Arbeit in Berlin fortsetzen.
In geringerem Umfang führt die Einstein Stiftung auch eigene Projekte durch. Dazu zählt beispielsweise die Vortragsreihe Meeting Einstein, bei der geförderte Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der interessierten Öffentlichkeit Ergebnisse ihrer Forschung vorstellen. Die Finanzierung dieser Aktivitäten erfolgt durch jährliche Zuwendungen aus dem Haushalt des Landes Berlin sowie durch Spenden Dritter.