Inzwischen weiß man um die am stärksten gefährdeten und seltenen Biotope. Meistens handelt es sich um naturnahe Lebensräume. In Berlin sind 19 besonders schutzwürdige Lebensräume unter gesetzlichen Schutz gestellt. Eine besondere Schutzausweisung dieser Flächen ist nicht erforderlich – das Gesetz schützt diese Biotope unmittelbar. Im Land Berlin ist dieser besondere Schutz durch das Berliner Naturschutzgesetz (§ 20 – 28 ) geregelt.
Der gesetzliche Schutzstatus bedarf nicht eines förmlichen Verfahrens wie bei der Ausweisung von Schutzgebieten. Mit dem gesetzlichen Schutz sollen die geschützten Biotope vollständig und unversehrt erhalten und vor nachteiligen Veränderungen bewahrt werden. Alle Handlungen und Maßnahmen, die eine erhebliche oder nachhaltige Schädigung hervorrufen können, sind strikt verboten und haben rechtliche Konsequenzen. Ausnahmen gelten nur bei überwiegenden Gründen des Gemeinwohls oder bei Wiederherstellung ähnlicher Biotope als Ausgleich andernorts. Die Zulassung bedarf der Prüfung und Entscheidung durch die örtlich zuständige Naturschutzbehörde der Bezirke.
Für den Schutz der Uferröhrichte sieht das Berliner Naturschutzgesetz (§ 29 – 32 ) darüber hinaus spezielle Regelungen vor.