Damit die Fördergelder sinnvoll eingesetzt und den spezifischen Anforderungen vor Ort Rechnung getragen werden kann, entwickelt jeder Mitgliedstaat und jede Region eine eigene Strategie im Rahmen eines Programms.
Die Programme werden in einem partnerschaftlichen Abstimmungsprozess zwischen der Region, dem Mitgliedstaat und der Europäischen Kommission gemeinsam entwickelt. Sie legen Ziele und Förderschwerpunkte fest.