Um das Konzept und die Durchführung qualitativ zu verbessern, werden während des Programmzeitraums die Wirksamkeit, Effizienz, Relevanz, Kohärenz und der Mehrwert des EFRE-Programms bewertet. Zusätzlich zu diesen drei geplanten Studien wird eine Durchführungs- und nach Abschluss des Programms Wirkungsevaluierung erfolgen, die die Auswirkungen des EFRE-Programms untersucht.
Die Bewertungen erfolgen gemäß dem vom Begleitausschuss genehmigten Evaluierungsplan und werden von unabhängigen Sachverständigen durchgeführt.