Berlins Klärwerke sind sehr fleißig. Jeden Tag reinigen sie mehr als 700.000 Kubikmeter Regenwasser sowie Abwasser aus Industrie, Haushalten und öffentlichen Einrichtungen. In drei Wochen kommt so die Menge des Großen Wannsees zusammen.
Knapp 10.000 Kilometer Kanalnetz und 163 Pumpwerke schaffen das Wasser in die sechs Kläranlagen. Dabei gibt es Rohre, die nur Abwasser, nur Regenwasser oder beides gemeinsam transportieren. Letzteres nennen Fachkundige Mischwasserkanalisation. Berlin hat sie ab 1873 nach Entwürfen des Stadtplaners James Hobrecht im Zentrum innerhalb des S-Bahnrings installiert.
In den Städten und Gemeinden außerhalb, die erst seit 1920 zu Groß-Berlin gehören, fließen Abwasser und Regen hingegen überwiegend in unterschiedlichen Kanälen, im Trennsystem. Während das Schmutzwasser in der Aufbereitung landet, fließt Niederschlag direkt wieder in Flüsse und Seen. Problematisch ist, dass er unterwegs Schadstoffe von den Straßen spült.
Im Mischsystem wird hingegen alles Richtung Klärwerk gepumpt. Wenn es jedoch sehr stark regnet, sind die Kanäle mit der anfallenden Menge überfordert. Damit das Wasser nicht aus den Gullys sprudelt, gibt es extra Überläufe z. B. in Landwehrkanal oder Spree. Insgesamt landen dort jährlich bis zu 7,5 Millionen Kubikmeter ungefiltertes Schmutzwasser. Seit Jahren bauen die Berliner Wasserbetriebe mit unterirdischen Zwischenspeichern dagegen an.
Vier Fünftel der kanalisierten Gebiete sind im Trennsystem, der Rest gemischt. Nur wenige Siedlungen haben gar keine Kanalisation. Dort wird das anfallende Schmutzwasser durch Abfuhrunternehmen in die Klärwerke gebracht.