Das Grundwassermessnetz Berlins vergrößerte sich rasch. So waren im Jahr 1937 bereits über 2.000 Messstellen vorhanden. Zurzeit betreibt der Landesgrundwasserdienst nach einer Messnetzoptimierung im Stadtgebiet rund 1000 Messstellen, die in den fünf unterschiedlichen Grundwasserleitern verfiltert sind.
Auch im Innenstadtbereich, der nicht im Einflussbereich der Wasserwerke liegt, sind die Grundwasserverhältnisse schon seit über 100 Jahren stark anthropogen überprägt. Beispielhaft sei das anhand der Grundwasserstandsganglinie der Messstelle 5140 (Abb. 9) in Berlin-Mitte im Folgenden erläutert:
Bis 1890 sind die noch weitgehend natürlichen saisonalen Schwankungen des Grundwasserstandes zu erkennen. Mit dem Wachsen der Großstadt, zunehmender Versiegelung und dem Bau von kleinen Trinkwasserbrunnen wurde die Amplitude kleiner und der Grundwasserstand bis zum Jahre 1905 moderat abgesenkt. Danach senkten die Wasserhaltungen für große Baumaßnahmen wie den U- und S-Bahnbau sowie den Bau der Reichsbank, Bunkerbauten u.a. mit ihren tiefen Kellern das Grundwasser um über 10 m großflächig ab. Beim Zusammenbruch 1945 nach dem zweiten Weltkrieg stieg es sofort bis fast auf die ursprünglichen Verhältnisse wieder an. Während der Wiederaufbaujahre wurde es dann mehrfach abgesenkt. Seit Einstellung der großen Baumaßnahmen mit Grundwasserhaltung steht das Grundwasser jetzt wieder auf hohem Niveau an, und größere Niederschlagsereignisse führen schnell zu kurzzeitigen Anstiegen. Das führt hier – wie auch in anderen Bereichen der Stadt – bei Gebäuden, die nicht
fachgerecht gegen den höchsten zu erwartenden Grundwasserstand abgedichtet sind, vielfach zu Vernässungsschäden.
Die Grundwassermessstellen sind inzwischen mit automatischen Messeinrichtungen (Datenloggern) ausgerüstet und liefern tägliche Werte. Insgesamt befinden sich mittlerweile mehr rd. zehn Millionen Messwerte in der Datenbank.
Ergänzend stellen für das Stadtgebiet und das Umland die Berliner Wasserbetriebe und das Landesumweltamt Brandenburg sowie andere Wasserwerksbetreiber aus Brandenburg Grundwasserstandsmessdaten, die meist monatlich erfasst werden, zur Verfügung. Besitzt das Grundwasser einen direkten Anschluss zum Oberflächengewässer (effluente Verhältnisse, Abb. 4a), werden dort zusätzlich Pegeldaten von Oberflächenwassermessstellen verwendet.
In der vorliegenden Karte sind für den Hauptgrundwasserleiter (GWL 2) Messwerte von 1.693 Grundwassermessstellen und 25 Oberflächenwasserpegeln, für den Panketalgrundwasserleiter (GWL 1) auf der Barnim-Hochfläche von 46 Grundwassermessstellen und sechs Oberflächenwasserpegeln verarbeitet worden. Bei Messstellen mit täglichen Messwerten wurde der Wert vom 15. Mai 2013, bei den restlichen der Monatswert vom Mai, der diesem Tag am nächsten liegt, ausgewählt.
Die Verteilung der Messstellen ist unregelmäßig: Im Stadtzentrum und in den engeren Einzugsgebieten der Wasserwerke ist das Messnetz dichter, während es zum Stadtrand hin ausdünnt. Dies gilt besonders für das Brandenburger Umland.