Zur Kartierung der Gewässerstruktur in Berlin wurden insgesamt drei verschiedene Verfahren angewandt:
1.) Übersichtsverfahren (ÜV) der Länderarbeitsgemeinschaft Wasser (LAWA, 2002). Dieses Verfahren zur Kartierung von Fließgewässern basiert auf der Auswertung von Luftbildern, sowie historischem und aktuellem kartographischen Material. Es wurde auf die Gewässer Dahme, Havel und Spree angewandt. Das ÜV erlaubt es, einen Überblick über die Gewässerstruktur bei vergleichsweise geringem Kartieraufwand zu gewinnen. Es ist jedoch in seiner Aussagekraft begrenzt: Insbesondere Aussagen zur Gewässersohle sind mit diesem Verfahren nicht möglich. Es wird daher heutzutage kaum noch angewandt.
2.) Vor-Ort-Verfahren (VOV) der Länderarbeitsgemeinschaft Wasser (LAWA, 2000). Dieses Verfahren zur Kartierung von Fließgewässern basiert auf einer Vor-Ort Begehung des zu untersuchenden Fließgewässers und erlaubt so eine genaue Ansprache von mehr als 25 ökologisch relevanten Parameter, insbesondere auch in der Gewässersohle. Es wurde mit Ausnahme von Havel, Dahme und Spree auf alle in der Karte dargestellten kleineren Fließgewässer angewandt.
3.) Seeufer-Kartierverfahren (SUK) (LUNG, 2004). Die Berliner Seeufer wurden nach einem Verfahren kartiert, das ursprünglich im Auftrag des Landesamtes für Umwelt, Naturschutz und Geologie Mecklenburg-Vorpommern (LUNG M-V, Güstrow) entwickelt und in Hinblick auf die in Berlin anzutreffenden Bedingungen angepasst wurde. Dieses Verfahren basiert, ähnlich zum Übersichtsverfahren für Fließgewässer, auf der Auswertung von Luftbildern und kartographischem Material. Im Rahmen der Kartierung der Berliner Seeufer wurde zusätzlich eine seeseitige Befahrung aller Seeufer vorgenommen, um so die Bewertung von Parametern zu ermöglichen, die sich aus Luftbildern insbesondere aufgrund von ufernahem Baumbestand nicht oder nicht ausreichend genau bestimmen lassen.
Allen Kartierverfahren gemeinsam ist die Bewertung der betrachteten Abschnitte unter Verwendung einer siebenstufigen Klassifizierung (siehe Tab. 1), wobei die Bewertungen von „unverändert" (Klasse 1) bis „vollständig verändert" (Klasse 7) reichen.