In den vergangenen Jahrzehnten wurden in der Bundesrepublik Deutschland erhebliche Mittel in die Verbesserung die Wasserqualität von Oberflächengewässern investiert. Diese Investitionen haben sich gelohnt: Flüsse wie der Rhein oder die Elbe sind inzwischen wieder so sauber, dass man fast in ihnen baden könnte. Auch zahlreiche Seen, die durch hohe Nährstoffeinträge "umzukippen" drohten, weisen wieder zufriedenstellende oder gute Wasserqualität auf. Allerdings wurde dabei in der Vergangenheit nur wenig Augenmerk auf eine Verbesserung der "Gewässerstruktur" gelegt, und so fließt nun oftmals sauberes Wasser durch nach wie vor strukturarme, naturferne Gewässer.
Was aber ist überhaupt die Gewässerstruktur? Mit diesem Begriff wird das ökologisch-morphologische Erscheinungsbild eines Gewässers mit seinen Ufern und Auen verstanden. Ökologisch wertvoll sind hierbei Strukturen, die einem möglichst naturnahen Zustand entsprechen. Ein naturnahes Fließgewässer weist z.B. keine Befestigungen von Sohle oder Ufer aus; durch seinen unregulierten Abfluss bilden sich Mäander in der Landschaft und im Gewässerbett bilden sich Bänke, Inseln oder Kolke aus. Solche naturnahen Zustände treten in urban bzw. intensiv agrarisch oder forstwirtschaftlich geprägten Flächen nur noch selten auf.
Eine Verbesserung des ökologischen Gesamtzustandes von Gewässern ist mittlerweile europaweit gesetzlich geregelt. Mit ihrer Veröffentlichung am 22.12.2000 im Europäischen Amtsblatt trat die Europäische Wasserrahmenrichtlinie (EU-WRRL) in Kraft (WRRL, 2000; BMU, 2011). Zentrales Anliegen der EU-WRRL ist es unter anderem, bis zum Jahre 2015 einen guten ökologischen Zustand bzw. ein gutes ökologisches Potenzial der Europäischen Fließ- und Stillgewässer zu erreichen. Maßstab hierfür ist u.a. die Besiedlung durch die wirbellose Fauna, Fische und Makrophyten, die maßgeblich von der Gewässerstruktur abhängt. In spezifischen Bewertungsverfahren wird die ökologische Zustandsklasse dieser Biokomponenten bestimmt. Zustandsverbesserungen der Gewässer sind über flussgebietsbezogene Maßnahmenplanungen zu erzielen. Diesbezüglich stellt die Strukturkartierung, in Verbindung mit weiteren Informationen zu Hydrologie, Hydraulik und Sedimentstruktur, eine wichtige Grundlage für die Maßnahmenplanung und das Erfolgsmonitoring dar.
Wesentliche Bestandteile der EU-WRRL wurden im Rahmen der Novellierung des Wasserhaushaltsgesetzes im Jahre 2002 in nationales deutsches Recht umgesetzt. Weitere Aspekte der EU-WRRL fanden über die Neufassung des Wasserhaushaltsgesetzes von 2010 Eingang in nationales Recht (BMU, 2010).