Die rückgestauten Berliner Fließgewässerabschnitte weisen in Teilbereichen deutliche Unterschiede in den Gewässergüteklasse über die Untersuchungszeiträume auf:
Güteklasse II: Tegeler See, Müggelspree 1993-1995, danach nur noch Tegeler See
Güteklasse II-III: Müggelspree, Großer Müggelsee, Seddinsee, Teltowkanal
Güteklasse III: Dahme, Stadtspree, Havel, Zeuthener See ab 1997
Güteklasse III-IV: Zeuthener See 1993 – 1997
Der Zeuthener See weist im Vergleich mit anderen im südöstlichen Berliner Raum gelegenen Gewässern wie Seddinsee und Großer Müggelsee eine insgesamt erhöhte P-Belastung auf, die vorrangig nur durch die Einträge über den Nottekanal (Einträge über ehemalige Rieselfeldabläufe) und durch hohe P-Rücklösungsraten in den Untersuchungszeiträumen erklärbar ist.
Die gemessenen Chlorophyll-a-Konzentrationen mit Sichttiefen zum Teil unter 0,5 m sind maßgeblich auf besondere algenphysiologische und morphologische Bedingungen zurückzuführen. Der Zeuthener See ist im Vergleich mit den sonstigen Berliner Gewässerabschnitten hinsichtlich seiner Trophie der am stärksten belastete Fluss-See.
Auch die Tatsache, dass der Teltowkanal nach diesem Klassifikationsvorschlag, der die Güte ausschließlich auf Basis des Chlorophyll-a-Gehaltes bewertet, in der Güteklasse II-III einzustufen ist, zeigt, dass in Abhängigkeit der örtlichen Bedingungen zum Teil ergänzende Gewässergütebeschreibungen erforderlich sind.
Der Teltowkanal nimmt innerhalb des Gewässersystems eine Sonderstellung ein, da er den Einleitungen aus den Klärwerken (Waßmannsdorf, Marienfelde bis 1998, Ruhleben und Stahnsdorf) mit einem Anteil von 30 % am mittleren Abfluss direkt ausgesetzt ist. Die für den Teltowkanal ermittelten hohen Phosphor-Konzentrationen (Güteklasse III) (vgl. Karte 02.01) lassen im Verhältnis zu den eher moderaten Chlorophyll-a-Konzentrationen (Güteklasse II-III) erkennen, dass im Teltowkanal das Eutrophierungspotenzial nicht annähernd so gut ausgenutzt wird wie in den anderen Teilen des Berliner Gewässersystems. Untersuchungen im Teltowkanal zeigen wegen der hohen Wärme- und Abwasserbelastung einen erhöhten heterotrophen Abbauprozess an, so dass saprobiologische Prozesse verstärkt in den Vordergrund treten.
Der Sauerstoffgang an der Messstelle Teltowkanal/Teltowwerft zeigt gegenüber der Messstelle Spree/Sophienwerder im Trockenwetterfall deutlich geringere Werte an.
Das über das Jahr ausgewogene Temperaturregime im Teltowkanal, verursacht durch die hohe spezifische Wärmelast der Kraftwerke, beeinflusst die Algenzusammensetzung. Darüber hinaus können phytotoxische Einflüsse der Kläranlagenabläufe auf das Algenwachstum hemmend wirken.
Als einziges Gewässer im Untersuchungszeitraum weist der Tegeler See die Gewässergüteklasse II auf. Der Zufluss des Tegeler Sees aus dem Nordosten (Nordgraben, Tegeler Fließ) wird seit 1985 über die Oberflächenwasseraufbereitungsanlage Tegel (Phosphat-Elimination) geleitet und der See so von hohen Nährstoffeinträgen entlastet.