Berlin liegt zwischen den beiden großen Stromgebieten der Elbe und der Oder. Die wichtigsten natürlichen Wasserläufe im Raum Berlin sind die Spree und die Havel. An weiteren natürlichen Wasserläufen sind Dahme, Straußberger Mühlenfließ, Fredersdorfer Fließ, Neuenhagener Mühlenfließ, Wuhle, Panke und Tegeler Fließ zu nennen. Neben den natürlichen Gewässerläufen gibt es eine Vielzahl künstlich geschaffener Fließgewässer – die Kanäle. Innerhalb des Stadtgebietes von Berlin sind dies in erster Linie der Teltowkanal, der Landwehrkanal und der Berlin-Spandauer-Schiffahrtskanal mit dem Hohenzollernkanal.
Für die Gütebeschaffenheit der Berlin durchfließenden Gewässer kommt der Spree eine besondere Bedeutung zu. Die Kanäle in Berlin werden überwiegend mit Spreewasser gespeist, so dass deren Wassergüte von der Qualität des Spreewassers beeinflusst wird. Bedingt durch die gegenüber der Oberhavel deutlich höhere Abflussmenge wirkt sich die Beschaffenheit des Spreewassers auch entscheidend auf das Güteverhalten der Havel unterhalb der Spreemündung aus. Die Wasserbeschaffenheit der Stadtspree wiederum wird innerhalb des Stadtgebietes von vielen kleineren Zuflüssen anderer Gewässer geprägt.
In der Reihe der deutschen Flüsse nimmt die Spree jedoch nur einen bescheidenen unteren Rang ein. Im Vergleich zu Oder (langjähriger mittlerer Abfluss bei Hohensaaten-Finow: 543 m3/s) und Elbe (langjähriger mittlerer Abluss bei Barby: 558 m3/s) weisen selbst Spree und Havel – in der Unterhavel vereint – nur einen rund 10mal geringeren Abfluss auf.
Zur Überwachung der Berliner Oberflächengewässer wird ein Gütemessnetz betrieben, dass sich vorrangig darauf konzentriert, die Auswirkungen der zahlreichen punktuellen und diffusen Gewässerbelastungen im Fließverlauf zu erfassen. Das Messnetz umfasst insgesamt 63 Messstellen, davon 39 in Dahme, Spree, Havel und Kanälen sowie 24 in den kleineren Fließgewässern und Landseen. Es werden physikalisch-chemische, bakteriologische und biologische Parameter in der Regel aus monatlichen Stichprobenuntersuchungen erfasst.
Zur kontinuierlichen Überwachung der Sauerstoffverhältnisse, der Wassertemperatur, des pH-Wertes und der Leitfähigkeit werden zusätzlich neun Wassergütemessstationen an den Hauptfließgewässern betrieben.
Pro Jahr werden in der Regel an den Stichprobenmessstellen durchschnittlich 11 bis 17 Messungen durchgeführt. Im Regelfall wird für die Bewertung das 90-Perzentil (Mindestprobenumfang n=11) zur Ermittlung der Güteklassen herangezogen; bei der Temperatur sind es die Maximalwerte und beim Sauerstoff die Minimalwerte.
An den kontinuierlich arbeitenden Messstationen werden Fünfzehnminutenwerte erfasst und zu statistischen Kennwerten zusammengefasst. Für die Bewertung der Temperatur wird das 95-Perzentil und für den Sauerstoffgehalt des 10-Perzentil der Tageswerte zugrunde gelegt. Diese Werte haben naturgemäß im Gegensatz zu den Stichprobenuntersuchungen eine höhere Aussagekraft.