Ausgewertet wurden Fischerfassungen in 153 Gewässern zwischen 2014 und 2022. In diesem Zeitraum wurde jedes dargestellte Gewässer mindestens einmal befischt. Die meisten und insbesondere alle größeren, nach WRRL berichtspflichtigen Gewässer wurden mehrfach und an verschiedenen Probenahmestellen befischt.
Die Gewässer wurden grundsätzlich elektrisch befischt. Die Fischereidurchführung erfolgte nach den anerkannten methodischen Grundsätzen und in der Regel mit Gleichstromaggregaten. Bewatbare Gräben und Kleingewässer wurden mit einem tragbaren, batteriebetriebenen Gerät befischt, größere Gewässer vom Boot aus mit einem generatorgetriebenen, mit höherer Leistung. Mit Hilfe des Gleichstromaggregates wird im Wasser ein elektrisches Feld erzeugt. In diesem befindliche Fische greifen, entsprechend ihrer Länge und Stellung zu den Feldlinien unterschiedliche Spannungen ab. Je nach Stärke derselben reichen die Reaktionen der Fische von Flucht über positive Galvanotaxis (gerichtetes Schwimmen zur Anode) bis hin zur Galvanonarkose. Der Wirkungsradius der Fangelektrode beträgt ca. 2 m.
Bei qualifizierter Anwendung ist die Elektrofischerei das schonendste Verfahren zur Fischbestandserfassung, da die Fische weniger mit Netzmaterial u. ä. in Berührung kommen als bei anderen Fangmethoden, weshalb sie kaum Schuppen- oder Schleimhautverletzungen aufweisen. Sie ist zudem bei rauhen Bodensubstraten, wie Blocksteinwurf, Steinschüttungen oder Pflanzenbeständen, auch die effizienteste aller Fangmethoden. Aufgrund dessen wurde die Elektrobefischung auch die Standard-Erfassungsmethode für die fisch-basierte Gewässerbewertung gemäß WRRL in Fließgewässern.
Die Längen der einzelnen Befischungsstrecken variierten zwischen 300 m und 3.000 m Uferlinie, je nach Gewässerbreite, Strukturvielfalt und Fangerfolg. Ziel war es, das Artenspektrum möglichst vollständig zu erfassen. Allerdings sind bei der Elektrofischerei pelagisch (im Freiwasser) lebende, bzw. große, scheue Individuen aller Fischarten im Fang unterrepräsentiert. Die Fluchtdistanz der genannten Fische ist weitaus größer als das effektive Fangfeld der Anode, so dass sie nur zufällig erfasst werden. Insgesamt ist die Selektivität der Elektrofischerei allerdings weitaus geringer als die anderer Methoden, bei vergleichbarem Arbeits- und Zeitaufwand.
In den Landseen wurden zusätzlich Multimaschenstellnetze parallel zu den Elektrobefischungen eingesetzt, zum Fang von Fischen im Freiwasser (die bei den Elektrobefischungen methodisch unterrepräsentiert sind). Stellnetze fangen nach dem Prinzip, dass sich ein Fisch bei dem Versuch, das Netz zu durchschwimmen, mascht, d.h. die Netzmasche umschließt seinen Körper so fest, dass er nicht mehr entkommen kann. Die beste Fängigkeit wird erzielt, wenn der Körperumfang des Fisches 25% größer ist als der Maschenumfang, was nur bei einem sehr eingeschränkten Längenspektrum der Fall ist. Aus diesem Grund sind Stellnetze extrem größenselektiv. Die gewählte Maschenweite bestimmt das Größenspektrum und damit z. T. auch das Artenspektrum der zu fangenden Fische.
Bei Multimaschennetzen werden Netzblätter mit unterschiedlichen Maschenweiten zusammengesetzt, was ihnen den Vorteil einer geringeren Größenselektivität verschafft gegenüber Netzen einheitlicher Maschenweite. Bei den Freiwasserbefischungen der Berliner Landseen wurden 30 m lange und 1,5 m hohe Multimaschen-Grundstellnetze gesetzt. Die Anzahl der Netze richtete sich nach der Gewässergröße. Jedes Netz bestand aus insgesamt 12 Blättern mit den Maschenweiten 5 – 6,25 – 8 – 10 – 12,5 – 15,5 – 19,5 – 24 – 29 – 35 – 43 – 55 mm. Die Stellzeit betrug maximal zwei Stunden, um Verletzungen der sich maschenden Fische zu minimieren.
In den Flussseen und großen Fließgewässern führte das Fischereiamt Berlin, auf dem Großen Müggelsee auch das Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei (IGB), zusätzlich Schleppnetzbefischungen durch. Diese dienten, analog zu den Stellnetzbefischungen, ebenfalls der Erfassung der bei den Elektrobefischungen unterrepräsentierten Freiwasser-Fische. Im Gegensatz zu Stellnetzen, die nur fangen, wenn ein Fisch versucht sie zu durchschwimmen, wird ein Schleppnetz aktiv durchs Wasser gezogen, wo es dann auch inaktive Fische fängt. Damit eignet es sich weitaus besser für Einschätzungen der Häufigkeit von Freiwasserfischen als Stellnetze, erfordert aber auch einen erheblich höheren technischen und Arbeitsaufwand.
Das Fischereiamt Berlin hat im August 2004 das Fischereiforschungsschiff „PISCATOR“ in Dienst gestellt, welches u. a. regelmäßig zur Durchführung von Schleppnetzbefischungen eingesetzt wird. Beim Schleppnetz handelt es sich um einen hinter dem Schiff gezogenen Netzsack mit Netzflügeln, dessen Öffnung durch sog. Scherbretter offengehalten wird. Die Maschenweite im Netzsack (Steert) bestimmt die kleinste Länge der im Netz zurückgehaltenen Fische, darüber hinaus ist es kaum größenselektiv. Vom Fischereiamt wurden unterschiedliche Schleppnetze verschiedener Bauart und Maschenweiten im Netzsack eingesetzt. Die Schleppstrecken variierten zwischen wenigen 100 m und 2-3 km Länge. Im Rahmen des Müggelsee-Fischmonitorings führt das IGB in jedem zweiten Jahr ebenfalls Schleppnetzbefischungen durch, mit dem 2011 in Dienst gestellten Forschungsschiff „Paulus Schiemenz“.
Insgesamt wird durch die Verwendung verschiedener Gerätetypen die Fangselektivität des einzelnen kompensiert, was die Repräsentanz der Fischbestandserfassung, besonders der Arterfassung steigert. Ergänzt wurden die Arteninventare durch qualitative Informationen der Berufsfischer über besondere Fänge, wie z.B. den Fang einer Meerforelle in der Unterhavel am 15.02.2017, bzw. der Stiftung Naturschutz über auffällige Beifänge, in erster Linie nicht-einheimischer Arten, wie Goldfisch und Sonnenbarsch.
Die Standardauswertung der Fänge beinhaltet das Bestimmen, Zählen und Messen aller gefangenen Fische, stichprobenartig wird zusätzlich gewogen. Bei sehr vielen Fischen einer Alters- bzw. Längengruppe wird eine repräsentative Stichprobe vermessen und die übrigen Individuen nur gezählt. So werden zur Schonung der Tiere der Fang schneller bearbeitet und die Fische zügiger zurückgesetzt.
Neben der hier eher gewässerbezogenen Auswertung der Fischfangdaten des Fischereiamts Berlin wird im Jahr 2024 auch eine aktuelle fischartenbezogene Auswertung als Broschüre veröffentlicht.