Häufigste Fischarten in Berliner Gewässern sind nach wie vor Plötze, Barsch und erstmals bis 2013 auch der Hecht. Dicht gefolgt sind diese drei Fischarten von Aal, Blei, Schleie und Rotfeder, alle Arten mit unterschiedlichen Entwicklungstendenzen (Tab. 1).
Die aktuelle Rote Liste der Fische und Rundmäuler Berlins weist gegenüber der Roten Liste aus dem Jahr 2005 einen positiven Entwicklungstrend auf. Es wurden insgesamt elf Arten in ihrer Gefährdung zurückgestuft, d.h. deren Bestände haben sich positiv entwickelt und 23 Arten blieben unverändert. Für keine einzige Art haben sich die Eingruppierung und damit die Bewertung ihrer Gefährdung verschlechtert (vgl. Tabelle 1, SenStadtUm 2013a).
Die dramatischsten Bestandseinbrüche gab es bei der Karausche, mit 16 erloschenen Vorkommen in den letzten zehn Jahren, weshalb diese Art in der aktuellen Roten Liste weiterhin als stark gefährdet eingestuft wurde. Mit der letzten Änderung der Berliner Landesfischereiordnung (LFischO) im Jahr 2012 wurde eine ganzjährige Schonzeit der Karausche eingeführt.
Deutlich zurückgegangen sind die Vorkommen der Neozoa Gras-, Marmor- und Silberkarpfen. Diese Arten können sich in den Berliner Gewässern nicht natürlich reproduzieren und dürfen nicht mehr besetzt werden.
Zunehmende Tendenzen zeigten sich bei den in Berlin präsenten FFH-Arten Steinbeißer und Schlammpeitzger.
Da die Berliner Gewässer strukturell kaum verändert wurden, im Bereich der Regierungsbauten die Degradierung der Spree sogar noch zugenommen hat, ist die Zunahme der Fischartenzahl insbesondere auf eine verbesserte Wasserqualität zurückzuführen. Ausdruck dessen sind auch die verhältnismäßig hohe Zahl der Rückstufungen in der Roten Liste. Heute zeigen die sog. Weißfische ein gutes bis sehr gutes Individualwachstum, was insbesondere auch auf ein gutes Weißfischmanagement zurückzuführen ist.
Hier wirken sich die Verwendung phosphatfreier Waschmittel, die flächendeckende Einführung der Phosphateliminierung oder -fällung in den Klärwerken, ein reduzierter Düngemitteleinsatz in der Landwirtschaft im Spree- und Haveleinzugsgebiet positiv auf die Verringerung der Nährstofffracht in den Gewässern aus. Wie erheblich die Reduzierung der Phosphatfracht ausfiel, kann man z.B. daran ermessen, dass der Einwohnergleichwert von 4,2 g Phosphor pro Tag (g P/d) auf 1,8 g P/d korrigiert wurde, was eine Folge der weiten Verbreitung P-freier Waschmittel und effizienter P-Eliminierungen in den Kläranlagen ist (Behrendt et al. 1999).Zudem tragen die laufenden Maßnahmen zur Sanierung des Berliner Mischsystems zu einer weiteren Gewässerentlastung bei. Mischwasserüberläufe, bei denen unbehandeltes Abwasser und belastetes Regenwasser direkt in die Gewässer gelangen, können bei Starkregen zu Fischsterben führen. Im Gewässer setzen Bakterien das organische
Material unter Verbrauch von Sauerstoff zügig um. Bei sehr starken Regenfällen und einhergehenden massiven Mischwasserzuläufen ist die Sauerstoffzehrung so hoch, dass ganze Gewässerstrecken sauerstofffrei sind. Fischsterben ist unvermeidlich. Durch umfassende Maßnahmen in den letzten Jahren konnten die Mischwasserüberläufe bereits deutlich reduziert werden, infolge dessen fischkritische Zustände deutlich seltener als früher auftreten. Die Sanierungsmaßnahmen werden sich bis zum Jahr 2020 erstrecken. Darüber hinaus betreibt der Berliner Senat ein Belüftungsschiff, das bei sinkenden Sauerstoffwerten im Sommer für einen künstlichen Eintrag sorgt. Die regelmäßige Überwachung der sommerlichen Sauerstoffverhältnisse werden durch stationäre online-Messstellen und ergänzend durch Längsprofilfahrten bei kritischen Wetterperioden vorgenommen.
Neben den direkten Maßnahmen zur Verbesserung der Wasserqualität und der Sauerstoffverhältnisse, profitierten die Fische vom Berliner Röhrichtschutzprogramm, den Bemühungen zur Anlage und Pflege von Hechtlaichwiesen, z.B. in den Tiefwerder Wiesen, sowie den von allen Fischereiberechtigten aus den Einnahmen des Angelkartenverkaufs finanzierten Besatzmaßnahmen mit Karpfen, Schleie und Hecht. Zudem werden Besatzmaßnahmen mit dem Europäischen Aal im Rahmen eines EU-geförderten Projekts durchgeführt.