Von den beprobten Seen wurden 31 dieser Gruppe zugeordnet. Ihre Größen reichen von 1,2 ha (Möwensee) bis 70 ha (Groß-Glienicker See). In ihnen wurden insgesamt 27 Fischarten nachgewiesen, wobei die Anzahl der Arten im einzelnen zwischen 1 (Schwarzwassersee) und 16 (Heiligensee) variiert.
Der verlandete, flache, polytrophe Bogensee im Bucher Forst besitzt einen ausgedehnten Röhrichtgürtel. Die bis Mitte der 80er Jahre erfolgte Rieselfeldnutzung der Umgebung des Sees führte zu starken Nährstoffeinträgen, in deren Folge er verschlammte. Im Sommer erreicht der Sauerstoffgehalt des Wassers oft für Fische kritische Werte. Am Südufer des Sees besteht eine Rohrverbindung zu den Bucher Teichen. Der See wirkt sehr naturbelassen.
Grunewald-, Hundekehle-, Nikolas- und Schlachtensee sowie die Krumme Lanke gehören zur Großen Grunewaldseenkette. Sie liegen in einer durch nacheiszeitliches Schmelzwasser entstandenen Nebenrinne der Havelseen. Die Ufer der langgestreckten Gewässer sind fast auf ihrer gesamten Länge mit Bäumen bewachsen. Mit Ausnahme des Nikolassees, welcher über ausgedehnete verkrautete Flachwasserbereiche und Röhrichtbestände verfügt, besitzen die genannten Gewässer nur an wenigen Stellen spärliches Röhricht. Im Nikolassee befindet sich eines der zwei verbliebenen Gewässer mit Bitterlingsvorkommen.
Die Kleine Grunewaldseenkette wird von Hertha-, Halen-, Diana-, Hubertus- und Koenigssee gebildet. Wie die Seen der Großen Grunewaldseenkette liegen sie in einer durch nacheiszeitliches Schmelzwasser entstandenen Nebenrinne der Havelseen. Ihre Ufer sind mit Büschen und Bäumen bestanden sowie z.T. mit hölzernen Faschinen befestigt. In allen Bereichen finden sich auch flache, verkrautete Gewässerabschnitte und Röhrichtbestände. Die Ufer sind nur an wenigen Stellen öffentlich zugänglich. Wie die meisten Berliner Seen, sind auch sie Angelgewässer und werden als solche regelmäßig mit Fischen besetzt.
Mit einer Fläche von 70 ha ist der Groß-Glienicker See der größte Berliner Landsee. Er ist ein geschichteter, eu- bis hypertropher See. Seine frühere, temporäre Verbindung zum Sacrower See ist nicht mehr existent, so dass Einwanderungen von Fischen auf diesem Weg unterbunden wurden. Fischbesatz erfolgt vorwiegend mit Hechten, Schleien, Karpfen und Aalen, insgesamt wurden sieben Fischarten nachgewiesen. Infolge einer 1992/93 erfolgten chemischen Phosphatfällung im See verbesserte sich die sommerliche Sichttiefe im See erheblich, was auch die Ansiedlung von Unterwasserpflanzen begünstigte und damit zu einer Erhöhung der Strukturvielfalt des Sees führte.
Der Heiligensee ist zwar über einen Durchlass mit der Oberhavel verbunden, allerdings ist seine theoretische Wasserverweilzeit so hoch, dass er nicht zu den Flussseen (Wasserverweilzeit < 30 Tage) zählt. Das nördliche Seeufer erscheint naturnah, ist mit Röhricht bewachsen und als Laichschongebiet ausgewiesen. Die übrigen Ufer sind grasbewachsen, bzw. durch Steganlagen verbaut. Der Heiligensee wird als Angelgewässer genutzt. Aufgrund der Verbindung zur Oberhavel, die Fischwanderungen ermöglicht, ist der See mit 16 nachgewiesenen Arten der fischartenreichste natürliche See Berlins.
Im Norden Berlins liegt der langgestreckte Hermsdorfer See. Er wird vom Tegeler Fließ durchströmt. Analog zum Heiligensee ist der Durchfluss zu gering, um ihn als Flusssee auszuweisen. Seine Ufervegetation ist abwechslungsreich strukturiert, neben röhrichtbewachsenen Bereichen sind weitere mit Büschen und Bäumen bestanden. Im Wasser finden sich flache, krautige Bereiche, welche den Fischen und ihrer Brut als Laichplätze und Unterstände dienen können. Der Gewässergrund ist schlammig.
Der hypertrophe Malchower See liegt im Norden Berlins. Er wird durch Angler bewirtschaftet. Seine maximale Tiefe beträgt 1,5 m, die Sichttiefe nur wenige Zentimeter. Das Seeufer ist z.T. mit dichten Weidengebüschen (Ostufer) und Bäumen (Nord- und Nordwest-Ufer) gesäumt. Höhere Wasserpflanzen fehlen infolge des Nährstoffeintrages aus der Umgebung weitgehend, der Westteil des Sees ist besonders stark verschlammt. Hier reichen mächtige Schlammablagerungen bis dicht (10-20 cm) unter die Wasseroberfläche. Allerdings wurde in den letzten zehn Jahren kein Fischsterben beobachtet, wie sie noch zwischen 1974 und 1988 wiederholt auftraten. Der See wird durch den Landesanglerverband Berlin des DAV e.V. bewirtschaftet und mit Fischen besetzt. So gelang unter anderem die erfolgreiche Ansiedlung von Welsen, wie der Fang eines 1,20 m langen Exemplares im Sommer 2003 eindrucksvoll belegte. Allerdings wurden aktuell nur noch elf Fischarten nachgewiesen,
gegenüber 14 bis 1993.
Der hypertrophe Obersee in Hohenschönhausen ist ein Parkgewässer. Der bis auf seine Insel strukturarme See wird durch monotone Betonufer gesäumt, die den Fischen weder Unterstände noch Laichhabitate bieten. Eine zusätzliche Belastung stellt die Straßenentwässerung dar, die in den See entwässert und insbesondere im Winter auch das auf den Straßen ausgebrachte Taumittel in den See einträgt. Der See wird ebenfalls durch den Landesanglerverband Berlin des DAV e.V. bewirtschaftet. Gegenüber der Periode vor 1993 hat sich der Fischbestand erheblich gewandelt. Waren damals nur noch Karauschen, Giebel, Schleien und Karpfen häufig, so sind es heute Barsche und Moderlieschen, von denen insbesondere die Barsche eine geringere Toleranz gegenüber geringen Sauerstoffwerten haben als die genannten Karpfenfische. Die Fischartenzahl ging auf zehn zurück, gegenüber 14 bis 1993.
Der benachbarte, eutrophe Orankesee ist ebenfalls ein fischereilich bewirtschaftetes Parkgewässer, das an dessen Nordufer darüber hinaus eine stark frequentierte, öffentliche Badeanstalt liegt. Die Seeufer sind mit Stahlspundwänden und Beton-Wabenplatten befestigt. Sie haben daher nicht mehr ihre ursprüngliche, reichgegliederte Struktur.
Im See finden sich noch ausgedehnte Wasserknöterich-Bestände, die den Fischen Laichplätze und Unterstände bieten, der Badestrand bietet sandlaichenden (psammophilen) Fischarten, wie dem Gründling, geeignete Laichrefugium. Der See wird über einen Tiefbrunnen gespeist, ist deutlich weniger verschlammt als der benachbarte Obersee und hat trotz starker Frequentierung durch Badende auch eine bessere Wasserqualität als dieser.
Das Bitterlingsvorkommen ist im Zuge der Uferausbaumaßnahmen am See erloschen.
Ebenfalls als öffentliche Badeanstalt genutzt wird der Plötzensee im Wedding. Der See wird darüber hinaus anglerisch genutzt und durch den Verband deutscher Sportfischer (VDSF) bewirtschaftet. Versuche mit Regenbogenforellenbesatz 1998 schlugen fehl, die Art war bereits im Folgejahr nicht mehr nachweisbar.
Der Plötzensee weist überwiegend unbefestigtes Ufer, mit bis zum Wasser reichendem Baumbestand auf. Nur im Bereich der Badeanstalt ist das Ufer unbewaldet. Von der Ufervegetation fallen jährlich große Mengen Laub ins Wasser, bei deren Umsetzung Nährstoffe freigesetzt werden und zeitweise Sauerstoffmangel im Hypolimnion auftritt. Bei der Vollzirkulation im Oktober 2000 kam es deshalb zu einem Aalsterben, weshalb im Herbst des gleichen Jahres intensiv chemische Verfahren zur Nährstofffestlegung im Sediment angewandt wurden. Eine im Folgejahr durchgeführte Untersuchung der fischfaunistischen Auswirkungen erbrachte den Nachweis von insgesamt 15 Fischarten (Fredrich & Wolter unveröffentlicht), gegenüber 10 Arten bis 1993.
Die dabei wiederum vereinzelt nachgewiesenen Rapfen stammten offenbar aus dem benachbarten Westhafenkanal (individuelles Umsetzen durch Angler).
Vor der Einstellung der Bewirtschaftung des Teufelssees (Müggelheim) wurde dieser vom Deutschen Anglerverband mit Fischen besetzt. Die gegenwärtig nachgewiesenen Fischarten sind in erster Linie darauf zurückzuführen. Analog zum Plötzensee sind die Ufer zu großen Teilen durch Bäume gesäumt. Der damit verbundene Laubeintrag führte zu einer Verschlammung des polytrophen Sees mit bis zu 20 m mächtigen Feinsedimentauflagen.
Der Teufelssee (Wilmersdorf) liegt in einem Naturschutzgebiet. Seine Ufer sind mit Bäumen bestanden und z.T. schilfbewachsen. Dadurch bilden sie relativ vielgestaltige Strukturen und wirken naturnah. Obgleich die Bestandsentwicklung des Bitterlings 1993 als rückläufig eingeschätzt wurde, hat sich die Art bis heute im Gewässer erhalten und bildet zusammen mit den Bitterligen aus dem Nikolassee die beiden letzten reproduktiven Bestände dieser Art in Berliner Gewässern.
Die Ufer des Waldsees (Hermsdorf) sind dicht mit Bäumen bestanden. Es gibt flache verkrautete Bereiche, in denen Brut und Jungfische geeignete Lebensräume finden sowie Krautlaicher die erforderlichen Laichplätze. Das Gewässer erscheint sehr naturnah. Insgesamt wurden 12 Fischarten nachgewiesen.
Der Waldsee (Zehlendorf) ist nicht öffentlich zugänglich. Auch dieses Gewässer erscheint weitgehend naturnah. Seine Ufer sind dicht mit Bäumen bestanden, teilweise allerdings durch Steganlagen verbaut. Es gibt eine reiche Unterwasser-Vegetation. Gegenüber elf Fischarten 1993, wurden aktuell nur noch acht nachgewiesen (Minow unveröffentlicht).
Der hypertrophe Weiße See (Weißensee) ist ein fischereilich durch den Landesanglerverband Berlin bewirtschaftetes Parkgewässer, mit einer monotonen, aus alten Faschinen bestehenden, strukturarmen Uferlinie. Da höhere Wasserpflanzen aufgrund der starken Eutrophierung fehlen, finden die hier lebenden Cyprinidenarten kaum Laichsubstrate. Bis auf den Bereich der Badeanstalt am Ostufer ist der Seeboden stark verschlammt. Die Wasser-Fontäne in der Mitte des Sees führt während der Sommermonate zu einem mechanischen Sauerstoffeintrag und ist daher positiv zu bewerten. Nach mehreren Fischsterben zwischen 1993 und 1996, wurden aktuell nur noch sieben Fischarten nachgewiesen, 1993 waren es noch 18.
Der oftmals dramatisch erscheinende Rückgang der Artenzahlen gegenüber 1993 in vielen natürlichen Seen ist darauf zurückzuführen, dass die Bewirtschafter, meistens Angelvereine, Fischbesatzmaßnahmen heute offenbar verantwortungsvoller planen und durchführen. In den Seen fehlen fast ausschließlich solche Arten, die in der Vergangenheit besetzt wurden, obgleich sie für den Gewässertyp ungeeignet waren (vielfach Regenbogenforellen, aber auch Zander, Rapfen, Döbel u.a.m.) und die nun wieder verschwinden, nachdem die Besatzmaßnahmen offensichtlich eingestellt wurden.