Im Erfassungszeitraum 1993-2002 wurden im Land Berlin 34 Fischarten nachgewiesen, davon sechs nicht einheimische. Gegenüber 1993 erweiterte sich das Arteninventar um eine allochthone Fischart, den Marmorkarpfen, einen aus China stammenden Cypriniden, der insbesondere in den 1980er Jahren aus fischereiwirtschaftlichen Gründen besetzt wurde. Darüber hinaus ist in Berlin eine zweite Zwergwelsart bekannt, der Schwarze Zwergwels (_Ameiurus melas_). Diese Art wurde bereits von Doering & Ludwig (1992) für die Berliner Tiergartengewässer beschrieben, konnte aber auch in der aktuellen Kartendarstellung nicht berücksichtigt werden, da die rezenten Fangmeldungen beide Arten nicht unterscheiden, weshalb ihre Vorkommen nicht klar gegeneinander abgrenzbar sind (Wolter et al. 2003).
Nach 1993 hat insbesondere die grundlegende Arbeit von Kottelat (1997) Ordnung in das taxonomische Chaos der Systematik europäischer Süßwasserfische gebracht. Folgerichtig änderten sich bei verschiedenen Fischarten die wissenschaftlichen Artnamen gegenüber der letzten Ausgabe der Karte. Neben dieser eher redaktionellen Änderung, wurde die Betrachtung einer Art als nicht einheimisch (allochthon, Neozoe) grundlegend modifiziert. Als Ergebnis einer internationalen Arbeitsgruppe "Neozoen/Neophyten) wurde das Jahr 1492, die offizielle Entdeckung der "Neuen Welt" durch Kolumbus, als Schwellenjahr für die Betrachtung einer Art als allochthon festgelegt, weil danach die Austauschprozesse von Gütern, Waren und auch Biota zwischen den Kontinenten immens zunahmen. Nach 1492 eingebürgerte Fischarten gelten als allochthon, nicht heimisch (Kinzelbach 1996, Kowarik 2003).
In krassem Widerspruch dazu legt die neue Landesfischereiordnung Berlin (LFischO, GVbl. Berlin 57, Nr. 54 vom 22. Dezember 2001) fest, aus Gründen der Vereinfachung fischereiwirtschaftlicher Besatzmaßnahmen (Wegfall der Genehmigungspflicht), alle bis 1900 eingebürgerten Fischarten als einheimisch zu betrachten. Allerdings ist diese festgelegte Vereinfachung des Verwaltungsvorganges bei Fischbesatz fischfaunistisch eine Marginalie, da die nach der strengeren Definition verbleibenden Neozoen in Berliner Gewässern wirtschaftlich ohne Bedeutung und deshalb trotz uneingeschränkter Besatzmöglichkeit in ständigem Rückgang der Vorkommen begriffen sind (vgl. Tab. 1 ).
Die in Berlin wirtschaftlich und insbesondere anglerisch bedeutsamen Arten Karpfen und Giebel werden im Gegensatz zur Ausgabe 1993 nicht weiter als allochthon betrachtet, da sie nachweislich bereits zwischen 530 und 1100 das Elbeeinzugsgebiet, einschließlich Havel und Spree besiedelten (Hoffmann 1994).