Ein Abschiedsbrief Seelenbinders vor der Hinrichtung in Brandenburg Görden ist überliefert, er schreibt:
„Ich weiß aber, daß ich in den Herzen von Euch und auch bei vielen Sportanhängern einen Platz gefunden habe, den ich immer darin behaupten werde. Dieses Bewußtsein macht mich stolz und stark und wird mich in letzter Stunde nicht schwach sehen.“
Im Hof des Amtsgerichts findet sich seit dem 27.01.2006 eine Metallplatte mit der Inschrift:
“Zum Gedenken an \ Werner Seelenbinder \ 1904 – 1944 \ Opfer des NS-Regimes”
Seiner Widerstandstätigkeit wird ausschließlich in einer früheren Tafel mit Reliefporträt gedacht:
“Dem mutigen Kämpfer \ gegen Faschismus, \ Imperialismus \ und Krieg \ Werner \ Seelenbinder \ zum Gedenken \\ Geb. \ 2.8.1904 \ Ermordet \ 24.10.1944”
Weitere Gedenktafeln für Seelenbinder existierten in der Martin-Hoffmann-Straße 15-26 (siehe OT Alt-Treptow) und an seinem Wohnort Glatzer Straße 6 in Friedrichshain. Eine Berliner Gedenktafel für Seelenbinder findet sich an seinem Trainingsort in der Thomasstraße 39, Neukölln. Im Werner-Seelenbinder-Sportpark in der Oderstraße (Neukölln) wurde er bestattet.