Am 16. April 1945 begannen die sowjetischen Streitkräfte mit dem Angriff auf Berlin. Am 21. April wurden die Luftangriffe der Alliierten beendet und der Artillerieangriff begonnen. Die Rote Armee hatte bereits die Berliner Außenbezirke Lichtenberg, Niederschönhausen und Frohnau erreicht.
Die Einnahme und Befreiung Berlins wurde vom Lichtenberger Ortsteil Karlshorst aus koordiniert. Nachdem am 23. April 1945 die “Pionierschule I” von einem sowjetischen Bataillon besetzt war, wurde dort das Hauptquartier der Militäradministration eingerichtet. Nikolai E. Bersarin wurde am 24. April 1945 vom Generalstabschef der Roten Armee Georgi Schukow zum Stadtkommandanten Berlins ernannt und übernahm mit dem “Befehl Nr. 1” die administrative und politische Gewalt in der Stadt. Am 8. Mai 1945 nahm Schukow im Offizierskasino der Pionierschule die Erklärung der bedingungslosen Kapitulation der Deutschen Wehrmacht entgegen. An dieser Stelle wurde nach dem Krieg das “Kapitulationsmuseum” eingerichtet.
Der Bau der Pionierschule war Bestandteil der Aufrüstungspolitik der deutschen Wehrmacht, die die Nationalsozialisten nach der Machtergreifung vorangetrieben hatten. Sie war als Ausbildungsstätte für Offiziere und Unteroffiziere der Pioniereinheiten der Wehrmacht gedacht, in der die Auszubildenden auch kaserniert werden sollten. Als Grundstück wurde ein Militärgelände der ehemaligen Fliegerstation Friedrichsfelde ausgewählt. 1936 begannen die Bauarbeiten für das Lehrgebäude. Noch vor seiner Fertigstellung wurde am 1. April 1937 der Lehrbetrieb aufgenommen.
Das Zentrum der Anlage bildet das Hörsaalgebäude, das nördlich und südlich von vier Assistenzgebäuden, die als Unterkünfte dienten, gerahmt ist. Im Norden der Anlage befinden sich das Unteroffizierskasino, die Turn- und Schwimmhalle sowie die Kommandantur. Das Wohnhaus des Kommandeurs ist später abgebrochen worden. Der Zugang zum Gelände erfolgte über das Haupttor an der Zwieseler Straße, das von zwei Wachhäusern flankiert wird. Den südlichen Abschluss der Anlage bildet das an der Gabelung von Zwieseler und Rheinstraße gelegene Offizierskasino, den nördlichen Abschluss der Exerzierplatz und der Hochbunker. Auf dem rückwärtigen Gelände stehen weitere, später von der Sowjetarmee errichtete Mannschaftshäuser.
Die im Zweiten Weltkrieg kaum beschädigte Pionierschule wurde nicht nur als Dienstsitz des sowjetischen Stadtkommandanten ausgewählt, sondern war auch neben dem Reichsluftfahrtministerium Standort der Sowjetischen Militäradministration in Deutschland (SMAD). 1946 wurde das Hauptquartier nach Wünsdorf südlich von Berlin verlegt, das zum größten militärischen Stützpunkt in der sowjetischen Besatzungszone ausgebaut werden sollte. Die SMAD existierte bis zur Gründung der DDR. Danach wurde die gesamte Verwaltungsfunktion an die DDR-Regierung bzw. den Magistrat übergeben und als Nachfolgeorganisation die Sowjetische Kontrollkommission gebildet (SKK). Auch der Stadtkommandant war damit überflüssig geworden. Im Juni 1950 wurde Alexander Kotikow nach Moskau zurückbeordert.
Ab Mitte der 1950er Jahre wurde das Haupt- und Hörsaalgebäude vom KGB genutzt und war dessen größte Zentrale außerhalb der Sowjetunion.
Die Pionierschule war Zentrum des Karlshorster Sperrgebiets, das im Sprachgebrauch “Klein-Moskau” hieß. Die Haupteinfahrt in das Sperrgebiet erfolgte über das Rondell an der Ecke Rhein- / Ehrenfelsstraße. Am 26. Mai 1963 wurde das Sperrgebiet endgültig aufgehoben, Schlagbaum und Zaun wurden abgebaut. Der sowjetische Stadtkommandant war durch einen Offizier der NVA ersetzt worden.
Nach der deutschen Wiedervereinigung und dem Abzug der sowjetischen Streitkräfte ging die Pionierschule in den Bundesbestand, später in den Besitz des Landes Berlin über. Das Gelände befindet sich mittlerweile in Privatbesitz. Das Kapitulationsmuseum wurde in das Deutsch-Russische Museum Berlin-Karlshorst umgewandelt.