Schwierig war die Situation nach den schweren Sturmschäden an der Mühle. 1999 und 2006 mussten die zerstörten Mühlenflügel jeweils durch neue ersetzt werden. Der Mühlenverein führte diese Neubauten mit Unterstützung der Bevölkerung und durch Marzahner Unternehmen federführend aus, ohne finanzielle Mittel aus dem Bezirkshaushalt in Anspruch zu nehmen.
Anlässlich der 700-Jahr-Feier des Dorfes Marzahn im Jahr 2000 wurde durch den Verein eine Windmessstation neben der Mühle aufgebaut, die wiederum die pädagogische Arbeit bereichert.
Im Jahre 2004 führte die Deutsche Gesellschaft für Mühlenkunde und Mühlenerhaltung e. V. anlässlich des 10.Betriebsjubiläums der Marzahner Mühle ihre Jahreshauptversammlung im Dorf Marzahn durch.
Im Folgejahr wurde der Umbau der Mühlentechnik zur Lehrmühle abgeschlossen und 2008 für Führungen von Schulklassen die Mühlenhütte mit Backstube und Handarbeitsmaschinen aufgebaut.
So zeigt sich die noch junge Mühle als eine im steten Wandel begriffene Maschinenanlage in einer typischen Windmühlenlandschaft. Dazu gehört es, sie beständig von Baum- und Strauchwuchs sowie störenden Bauten frei zu halten. Die Hecken um die Mühle sind zu einem Lebensraum für verschiedene Singvögel geworden. Brutpaare von Hausrotschwänzchen und Bachstelzen nisten seit langem unter der Mühle im Balkenwerk.
Die speziellen Umstände seiner Planung und Errichtung haben das ganze Mühlenareal zu einem in Deutschland wohl einzigartigen städtischen Mühlenbiotop nach holländischem Vorbild werden lassen. Das heißt, dass z.B. die Errichtung der angrenzenden Wohnhochhäuser so gestaltet wurde, dass die für eine Mitteleuropäische Windmühle wichtige West-Ost-Windachse nicht davon beeinträchtigt wurde. In der Nord-Südrichtung wird das Bild der Mühle und des Dorfes ebenfalls nicht beeinträchtigt bzw. auf interessante Weise kontrastiert. Durch diese Gestaltung konnte die Mühle zu einem Wahrzeichen des Stadtbezirkes werden. Dieser Status muss aber auch immer wieder neu durch attraktive Themen und Projekte errungen werden, denn die Mühle dreht sich nicht vom gestrigen Wind. Es bleibt die vorrangige Aufgabe, dieses Kleinod inmitten der großen Stadt in den Stürmen des Wetters sicher für die Zukunft zu bewahren.
Homepage: Mühle Marzahn