Entre 1949 y 1961, alrededor de 2,7 millones de personas habían abandonado la RDA y Berlín Oriental: alrededor de la mitad de esa corriente migratoria estaba compuesta por gente joven de menos de 25 años y esto suponía un gran problema para la dirección de la SED. Alrededor de medio millón de personas pasaba cada día la frontera en ambas direcciones y de esta manera, podían comparar las condiciones de vida de ambos lados. Solamente en el año 1960, alrededor de 200.000 personas se mudaron de forma definitiva al Oeste. La RDA se encontraba al borde del colapso social y económico.
Aún el 15 de junio de 1961, el presidente del Consejo de Estado de la RDA, Walter Ulbricht, declaraba que nadie tenía la intención de construir un muro. El 12 de agosto de 1961, el Consejo de Ministros de la RDA anunció que: “Para poner fin a las actividades hostiles de revanchismo y militarismo de Alemania Occidental y Berlín Occidental, se instalarán en la República Democrática Alemana, incluida la frontera con los sectores de ocupación occidentales de Berlín, tal como es habitual en cualquier Estado soberano.” Lo que no mencionó el ministro es que esa medida se dirigía, en primer lugar, contra la población propia que, en el futuro, tendría prohibido cruzar la frontera.
En las primeras horas de la mañana del 13 de agosto de 1961, en la frontera del sector soviético hacia Berlín Oeste se erigieron barreras temporales y fueron arrancados los adoquines de las calles. Unidades de la Policía popular y de la Policía de transportes, así como los denominados grupos de combate de trabajadores prohibieron cualquier tipo de tráfico en las fronteras entre sectores. De hecho, no fue casual que la dirección del partido SED eligiera un domingo durante las vacaciones de verano para realizar esa acción.
En los días siguientes, obreros de la construcción de Berlín Este sustituyeron, bajo la estricta vigilancia de los guardias fronterizos de la RDA, los rollos de alambre de púas que se habían estirado en la frontera con Berlín Oeste por un muro construido con paneles de hormigón y piedras de grandes dimensiones. Las fachadas de las casas de algunas calles, como por ejemplo la Bernauer Straße, donde las aceras pertenecían al barrio de Wedding (Berlín Occidental) y, las casas al barrio de Mitte, (Berlín Oriental) fueron incluidas en las instalaciones fronterizas. Muy rápidamente, el gobierno de la RDA hizo tapiar las entradas frontales y las ventanas de los pisos bajos de las casas, de manera que sus habitantes solamente podían acceder a las mismas por la parte del patio, ubicado en Berlín Oriental. Ya en el año 1961, muchas otras casas fueron desalojadas a la fuerza, tanto en la Bernauer Straße como en otras calles limítrofes.
De un día para otro, calles, plazas y casas quedaron divididas y, a causa de la construcción del Muro, quedó interrumpido el transporte urbano. La noche del 13 de agosto, el alcalde Willy Brandt declaró ante la Cámara de Diputados: “(…) El Senado de Berlín acusa ante la comunidad mundial, las medidas ilegales e inhumanas practicadas por aquellos que están dividiendo Alemania, oprimiendo a Berlín Oriental y amenazando a Berlín Occidental (…)”.
El 25 de octubre de 1961, tanques estadounidenses y soviéticos se encontraban unos frente a otros delante del “paso fronterizo para extranjeros” en la Friedrichstraße (Checkpoint Charlie). Guardias fronterizos de la RDA habían intentado primeramente controlar la documentación de representantes de los aliados del Este que querían cruzar al sector soviético. Desde el punto de vista estadounidense, esta medida violaba el derecho vigente de libre circulación por toda la ciudad del que disfrutaban los miembros de las fuerzas aliadas. Los tanques de las dos grandes fuerzas nucleares permanecieron así durante 16 horas, separados solamente por unos pocos metros. Para los que vivieron esa situación había un gran peligro de que se desatara una guerra. Un día después se produjo la retirada de ambas partes. Gracias a una iniciativa diplomática de Kennedy, presidente de los EE.UU., Chruschtschow, jefe de Estado soviético y del partido, confirmó el estatus de los cuatro poderes en todo Berlín.
En el periodo siguiente, las instalaciones fronterizas se siguieron ampliando y reconstruyendo y el sistema de control fronterizo fue perfeccionado. El muro que transcurría por el centro de la ciudad y que separaba Berlín Oriental de Berlín Occidental tenía una longitud de 43,1 kilómetros. Las instalaciones fronterizas que separaban Berlín Occidental del resto de la RDA, tenían 111,9 kilómetros de longitud. Entre 1961 y 1988, más de 100.000 ciudadanos de la RDA intentaron huir a través de la frontera interalemana o el Muro de Berlín. Más de 600 personas fueron abatidas a tiros por soldados fronterizos de la RDA o murieron de otra forma al intentar huir. Tan sólo en el Muro de Berlín hubo, por lo menos, 140 muertos entre 1961 y 1989.