Die Umsetzung des Landesrahmenprogramms Integrationslots:innen wird von einer Fachstelle koordiniert, die unter der Fachaufsicht der verantwortlichen Senatsverwaltung für Arbeit, Soziales, Gleichstellung, Integration, Vielfalt und Antidiskriminierung, dort der Beauftragten für Integration und Migration, arbeitet.
Die Fachstelle Landesrahmenprogramm Integrationslots:innen ist derzeit bei der spx consult GmbH angesiedelt. Sie fungiert als Schnittstelle zwischen der Fachverwaltung und den Programmumsetzenden und ist Ansprechpartnerin für alle Belange der Träger der Projekte. Sie berät sowohl zu den Zuwendungsmodalitäten als auch zum fachlichen Einsatz der Integrationslots:innen, organisiert Angebote der fachlichen Begleitung und Qualifizierung und unterstützt bei der Weiterentwicklung des Programms sowie der Öffentlichkeitsarbeit.